物理移除方法:
簡單來說，就是用刷子刷。市面上賣的磁鐵刷和魚缸刷都很好用，同時換水，效果極佳。缺點是麻煩，邊角等地方不容易去除，往往要把整個圓柱體弄得像狗壹樣飛起來，這是壹個很大的工程。
化學去除方法:
使用除藻劑有壹個共同的作用，它的優點是對任何藻類都有效，能有效去除附著在水生植物、沈水樹木等難以去除的地方的藻類。缺點是品質不同對魚類和生態平衡有壹定影響。
生物清除法[最佳方法]:
用除藻動物控制藻類數量，效果是耗時長，但卻是三者中最安全最省力的方式。下面介紹幾種常用的除藻生物。
1.釘螺:除了藻類，首推釘螺，大概有磁鐵刷那麽厲害。縱橫魚缸天下無敵，連外置過濾進水口都能爬進去疏通。缺點是移動速度慢，而且由於是蒸汽水中的生物(江海交界處的生物)，有些個體在淡水中容易死亡，只會產卵，在正常的水族箱中不會孵化。耐藥性和耐鹽性極低，但由於其超強的除藻能力，仍居除藻生物之首。價格20~30
2.斑馬蝸牛:或者蛋蝸牛，不是蘋果蝸牛。除藻能力略低於田螺，適應能力與田螺相同，但以斑馬般的亮黑色條紋著稱。價格20~30
3.蘋果螺:除藻能力弱，便便多，但優點是容易繁殖，能以量取勝。價格:任何網上都能有。
4.白玉飛狐:壹種吸壁魚，體型略大，號稱能有效去除角毛藻，價格40~80。
5.精靈:壹種吸壁魚，好養，喜歡吃青苔，是比較有效的壹種清藻魚，價格20~25。
6.清苔鼠、金清苔鼠:壹種吸壁魚，清藻魚中第二大，可長至10~15cm長。經很多魚友證實，只要有足夠的飼料，清苔鼠就會搶食，時間長了會有慣性，只會等食，不會清藻，所以不推薦。
7.琵琶鼠、金琵琶鼠:壹種吸壁魚，俗稱雜魚，是壹種異形，生存能力強，能在臺灣省溪流中繁殖，是臺灣省生態災變的代表魚類。同時也是最大的清藻魚，可以長到45~60cm長。它的清藻功能壹般，食量特別大。它和清苔鼠有同樣的問題，所以它的除藻功能會弱壹些。絕對不建議用這種魚，價格20~30。
8.黑殼蝦:除藻功能壹般，推薦用於稭稈罐處理爛葉。對小裂縫和葉片中的藻類有意想不到的作用，在水族箱中也能繁殖，但有帶菌的問題。價格:50元/兩。
9.大和藻蝦:除藻功能與黑殼蝦相似，體型比黑殼蝦大。