對農家生態旅遊區進行功能分區劃分可以分為生態保育區、生態過渡區、農耕區、居民生活與旅遊服務區四個部分。
（1）生態保育區。主要是對區域生態系統有著重要支撐與維持作用，對生物物種和遺傳多樣性有著重要維持作用的區塊，如生態公益林、水源保護區、生態敏感區等。生態保育區的面積應足以構成有效的保護單元和緩沖單元。保護單元即為核心保護區，壹般既是該旅遊區當地物種的衍生源地，又是該旅遊區體現生態旅遊基調的背景區，因而在農家生態旅遊的規劃中壹定要突出保護核心生態源地，保護或建立壹定面積的純自然斑塊。緩沖單元即為生態緩沖區，其主要功能是減少外界景觀人為幹擾帶來的影響。在這壹區域即使進行輕微的分散旅遊活動，也可能給緩沖區帶來破壞，進而危及核心區的生態穩定，所以這壹區域不宜開展密集的旅遊活動，不過可以有效安排觀光型活動，通過設計來有效限制人為活動對本區的影響。
（2）生態過渡區。這部分位於生態緩沖區的外界，有利於核心區的保護與穩定。由於多樣性對確保生態系統和景觀的穩定性，緩沖旅遊活動對環境的幹擾性，提高景區觀賞性方面有極其重要的作用。所以在這壹帶可以考慮提高景觀和生物多樣性，從而提高生態系統的穩定性和抗幹擾能力，進壹步美化景觀。
（3）農耕區。該區域位於過渡區的外緣，是當地居民開展耕作活動的主要場所，壹定程度上也是遊客活動的區域。
（4）居民生活與旅遊服務區。此區是居民最主要的生活活動區，同時也是旅遊服務區，可以為各客源層次的旅遊者提供當地特色的旅遊服務，如特色餐飲、住宿等。在接近旅遊路線的地方適當增加壹些旅遊服務，豐富地域性旅遊供給；在面積較大的自然植被斑塊和建築斑塊之間增加壹些農業小斑塊，如果園、花圃等，並采取列植、叢植或群植等手法構成不同的景觀小區，形成以村莊為中心的林農間作模式與居民點四周的庭院經濟樹種網點模式相結合的結構圖式。