航次網絡支持不夠，錨泊船舶數量少，貨物中轉量不足。決定壹個港口是支線港還是幹線港的壹個重要因素是國際遠洋班輪航線。1999年4月，大連只有兩條幹線，分別是中遠西部線和CMA歐洲地面線。截至目前，雖然改善了碼頭硬件，提高了服務，建立了以自身為中心的內部支線網絡，但由於腹地經濟相對落後，集裝箱貨源不足，集裝箱運量流失嚴重，吸引幹線的競爭力不強，現在只有5條集裝箱幹線經過山大連港。
改革開放前，大連港曾是中國最大的外貿口岸。改革開放以來，東北地區外向型經濟有了很大發展，但與全國其他地區相比，東北地區多項重要指標增速放緩。東北三省占全國GDP的比重從1980年的13.8%下降到0998年的10.3%，外貿出口占全國的比重從22.9%下降到5.8%，導致大連港航運需求減少，特別是對大連航運市場未來的發展。
目前口岸與海關、商檢部門聯系不夠，效率低下，缺乏統壹的協調監管部門。目前，大連港與海關、商檢等部門尚未實現網絡互聯，貨物出口和船舶進出港口手續繁雜。此外，各主管部門職能交叉，領導不力，導致貨運和航運市場經營不規範、無序競爭，難以遏制灰色收入和隱性成本，增加了航運企業的經營環節和成本。
大連將成為“北方的香港”和區域性國際航運中心，但其金融和貿易發展仍存在較大差距，無法為大連航運業的發展提供有力支撐。航運業是資本密集型行業。金融中心的建立將拓寬航運業融資渠道，解決航運企業和港口建設資金不足的問題。經貿中心的建立將為航運業的發展提供充足的供給，這將有力地促進大連航運的發展。但就大連目前的發展來看，經濟中心或金融貿易中心發展緩慢，大連離真正的“北方香港”還很遠。
大連建設東北亞國際航運中心的主要障礙是:1 .大連產業結構差，經濟實力不強。特別需要指出的是，在二產的產業結構中，傳統和壹次重化工業比重過大，而計算機、家電、服裝、精細化工、餐飲、建築裝飾材料等行業嚴重不足。同時，另壹個嚴重的瓶頸是大連嚴重缺乏具有國際競爭力的名牌拳頭產品。二是東北腹地經濟增長緩慢。由於長期受計劃經濟的影響，產業布局嚴重失衡，在改革開放和向市場經濟轉軌的過程中，東北地區經濟發展速度明顯放緩，出現了壹系列問題，嚴重制約了大連港的發展。三是國內外主要港口城市競爭激烈。全球對大連建設區域性國際航運中心有現實或潛在競爭的港口城市主要是韓國的釜山和楊光，日本的東京、衡濱和神戶。國內主要有青島港、天津港、營口港。四是交通系統不暢，內陸運輸成本較高。主要表現在近海集疏運系統中海洋幹線航線嚴重不足；內陸集疏運的區位劣勢日益明顯，港口鐵路運價不具競爭力。五、沈大高速公路改建的不利影響。六、大連港口環境不暢。主要表現在政策法規不完善；部門之間缺乏有效的協調機制；口岸通關信息化建設有待提高；中介服務的整體水平有待進壹步提高。七、政策法規建設相對落後。主要表現在區域航運政策法規存在諸多空缺；各種地方管理法規不僅難以配套，而且缺乏應有的深度和廣度，法規空白多；現有政策法規缺乏必要的宣傳渠道。