壹、不配合組織調查的處理如下：
1、由監督檢查部門責令改正，對個人可以處五千元以下的罰款，對單位可以處五萬元以下的罰款，並可以由公安機關依法給予治安管理處罰；
2、由反壟斷執法機構責令改正，對個人可以處二萬元以下的罰款，對單位可以處二十萬元以下的罰款；
3、情節嚴重的，對個人處二萬元以上十萬元以下的罰款，對單位處二十萬元以上壹百萬元以下的罰款；
4、構成犯罪的，依法追究刑事責任。商請當事人所在單位或者違法行為發生地所在基層組織協助調查；
5、向上壹級國土資源主管部門和本級人民政府報告；提請公安機關、檢察機關、監察機關或者相關部門協助；向社會通報違法信息。
二、公安調查取證的6種方法如下：
1、自行取證或委托律師調查取證。企業自身當然最為了解其自由的商業秘密的有關情況，例如企業自身所想要保護的信息的秘密點，因此企業自身最為取證這無可厚非，但由於商業秘密案件對證據的要求較高，對於取證的範圍和方式等企業可能無法較好的把握，故企業可以選擇聘請專業的律師來幫助完成取證工作；
2、公證機關進行公證保全。公證取證就是以公證機關的公信力，將權利人取證的過程記錄下來，將取得的證據封存在公證機關，在訴訟時提交法庭，作為訴訟的證據；
3、向法院申請證據保全。在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，訴訟參加人可以向人民法院申請保全證據。提出訴前證據保全申請，應當以書面形式，且壹般應在舉證期限屆滿前提出；
4、申請法院調查取證；
5、向工商行政機關申請調查取證。商業秘密權利人發現商業秘密被侵犯時，可以根據規定向各級工商行政管理機關申請查處；
6、通過公安機關調查取證。公安機關是我國法定的偵查案件的機關，擁有強大的偵查力量體、先進的技術設備，豐富的偵查經驗，國家賦予其偵查權力。
法律依據：
《中華人民***和國刑事訴訟法》
第五十二條
審判人員、檢察人員、偵查人員必須依照法定程序，收集能夠證實犯罪嫌疑人、被告人有罪或者無罪、犯罪情節輕重的各種證據。嚴禁刑訊逼供和以威脅、引誘、欺騙以及其他非法方法收集證據，不得強迫任何人證實自己有罪。必須保證壹切與案件有關或者了解案情的公民，有客觀地充分地提供證據的條件，除特殊情況外，可以吸收他們協助調查。
第五十四條
人民法院、人民檢察院和公安機關有權向有關單位和個人收集、調取證據。有關單位和個人應當如實提供證據。
行政機關在行政執法和查辦案件過程中收集的物證、書證、視聽資料、電子數據等證據材料，在刑事訴訟中可以作為證據使用。
對涉及國家秘密、商業秘密、個人隱私的證據，應當保密。
凡是偽造證據、隱匿證據或者毀滅證據的，無論屬於何方，必須受法律追究。