調查研究是監獄偵查工作的基礎，是了解和掌握罪犯思想動態、發現罪犯活動的基本方法。調查研究的主要對象是:有組織脫逃、預謀叛亂、殺人、擾監、重大破壞嫌疑；悔罪的累犯和慣犯；經常聚集在壹起繼續造謠煽動；涉嫌與監獄、社會上的犯罪分子勾結；生產中反復發生呼吸系統事故，疑似損害；與敵特機構、敵特或其他犯罪分子有聯系的可疑分子，在要害部位或零星活動的犯罪分子中有與犯罪分子有聯系的可疑分子；關鍵部位或零星活動的罪犯中有罪犯的跡象。調查可以采用壹般與重點相結合、公開與保密相結合、內部調查與外部調查相結合的方法。認真分析研究調查材料，對有價值的材料進行歸檔或建卡，對應當立案偵查的，組織力量進行偵察和打擊。
2.預防性控制
嚴密預防和控制犯罪活動是監獄偵查的重要作用。監所偵查部門要加強對監所重點、要害部位的安全防範工作，發現不安全因素，立即處理。對犯罪活動場所和分散的勞動場所，除了公開嚴格管理外，還應通過安排力量或安裝現代化技術設施進行監控。
3.調查和解決案件
偵察破案是指運用公開和秘密的偵察措施，破獲發生在監獄中的各類刑事案件。主要包括收集證據、審查證據、認定罪犯、發現罪犯、審判和結案。偵察破案是監獄偵察的壹項基本任務，是制止和打擊罪犯犯罪活動的重要措施。監所偵查部門要加強偵查破案，在集中力量偵破兇殺、暴亂、有組織越獄、縱火、投毒、重大盜竊案件和重要案件時，要嚴肅打擊壹般案件。破案後，對同案犯進行隔離關押，對重要罪犯單獨關押，並通過初步審查進壹步查明全部案情，揭露和證明全部犯罪事實。調查完畢後，監獄會寫起訴書意見，甚至連同案犯也要隔離關押，重要罪犯要隔離關押，嚴重罪犯也要隔離關押，通過預審進壹步查明全部案情，暴露和確認全部犯罪事實。偵查終結後，監獄應當寫出起訴意見書，連同案件材料、證據移送人民檢察院審查批準。