高昂租金
高昂的店面租金使越來越多的實體書店關門倒閉，店面租金作為實體書店60%的經營成本支出，已成為制約實體書店發展的瓶頸之壹。據統計，近年來店面租金普遍達到5%-20%的年增長率。租金成本已成為書店支出的大頭，很多書店的日租金超過3元/平方米，有些地處高檔商場的書店，租金甚至達到20元/平方米，不少書店交完租金，毛利率只剩下1.5%—3%。
稅收
行業的稅收政策有悖於我國的基本國情和出版物發行行業的實際情況。據了解，實體書店目前要繳納的稅種包括增值稅、城市維護建設稅、企業所得稅、房產稅、印花稅等。當然，新華書店享受了部分稅收優惠政策，但只減免壹部分，落實得也不夠徹底，而且部分優惠政策馬上要取消；相比於新華書店，民營書店的處境更為艱難，除了要繳納13%的增值稅，贏利後還需要繳納25%的所得稅。目前，僅就13%的圖書增值稅率，就大大高於世界上其他國家。例如英國、加拿大、澳大利亞、葡萄牙、新加坡、韓國、印度等國的圖書銷售稅率為0，其余大多數國家在3%～7%之間。
網絡書店的沖擊
價格
網上書店的價格使其在書業市場競爭中成為其最重要的利器。有相關的調查顯示，導致消費者紛紛從實體書店轉戰網上書店的最大誘因就是網上書店優惠的價格。現今的網上書店，隨處可見超低的折扣和大範圍優惠活動，雖然被認為有違市場規則並壹度引起實體書店的抗議，但是僅憑低價這壹點，網上書店的優勢就已盡顯無遺。
據有關機構統計，由網絡書店引發的新壹輪全國性的圖書價格戰，使圖書市場中下遊的平均毛利下降了5%，整個行業損失的毛利每年約為15億元；有的圖書甚至以低於進貨的價格銷售，圖書銷售變成了某些企業的圈錢套現遊戲。如此惡性循環，而實體書店對此毫無辦法。
服務
網上書店所提供的方便快捷的圖書檢索功能、讀者閱讀分享以及基於讀者瀏覽檢索記錄所提供的推薦書目，方便消費者查看和交流。在網上書店，很容易看到相關書目的讀者評價，這種評價都是基於實際購買者的壹種閱讀體驗分享，能夠為消費者提供對商品更為直觀的認識，具有相當的參考價值，有助於擇書。快捷的物流系統為顧客提供了相當大的便利，使消費者能足不出戶，第二天就能得到書。
並且網絡書店也不斷完善自我。就物流方面，馬雲建立菜鳥網絡科技有限公司，旨在通過5至8年的努力打造壹個開放的社會化物流大平臺，在全國任意壹個地區做到24小時送達。菜鳥通過打造智能物流骨幹網，對生產流通的數據進行整合運作，實現信息的高速流轉，而生產資料、貨物則盡量減少流動，以提升效率。有人認為這種運作模式將顛覆傳統物流模式。