首先，企業失算。
雖然通過了GMP，壹大部分企業卻仍面臨產品結構不合理附加值低、資金緊張市場拓展無力等重重關卡，在市場的激烈競爭中苦苦支撐著內憂外患的雙重考驗。“GMP改造之後企業的抗風險能力可以大大提高、營銷優勢可以更明顯地凸現、市場份額可以大幅度上升”的美好願望落空了。怎樣度過資金難關？如何提升銷售業績？是在壹級市場堅守到底，還是到二三級市場另辟天地？是繼續大量申報仿制藥品低價競爭，還是研發新藥通過差異化發展擴大市場範圍，抑或是通過委托加工方式解決產能閑置？很多企業苦尋無策。
其次，渠道失控。
制藥企業的下遊也就是醫藥經銷商的格局發生了巨大的變化：醫藥分銷行業集中度正在進壹步提高，跨區域的醫藥物流企業正在蓬勃發展，醫藥流通業的寡頭壟斷格局將逐步形成。傳統的“行政區劃分銷體系”被沖得體無完膚：經銷商低價銷售頻頻發生、跨區域竄貨屢禁不止、客戶忠誠度不斷下降、分銷渠道壹篇混亂、市場人員怨聲載道。制藥廠家是繼續“堵”去治標，還是“疏”去治根本？如何與跨區域的分銷商密切合作實現銷售的有序增長？
第三，市場失效。
目前第壹終端（醫院）雖然仍是主流市場，但因為受到降價、招標等因素的影響，整個市場顯得動蕩不安，運作難度越來越大；第二終端（藥店）盡管因OTC市場快速增長而被大家看好，但也遇到了不少難題：產品進場“門票”越來越貴、賣場促銷投入越來越大效果卻越來越小，這個市場也越來越不好操作。更有業內專家預言：第三終端、農村市場必將成為我國藥品銷售最具活力的增長點。自此，國內醫藥分銷出現了新的信號：搶占農村市場和第三終端。然而，如何才能有效利用宏觀政策對農村市場的利好因素為產品銷售服務？是不是所有的企業適合進軍農村市場？農村市場又將會出現怎樣的發展趨勢？依然值得廣大醫藥企業努力探索。