2006年，以在校學生為主的合肥市代表隊取得歷史性突破，獲得初中組第壹名。2004-2005年，全省第壹所學校順利通過區、市級特色學校驗收，獲得首批“合肥市特色初中”稱號。近年來，學校先後被評為合肥市科普示範學校、合肥市實驗示範校本教研基地、合肥市甲級管理學校、省級體育傳統項目學校。
2007年7月起，根據市委、市政府決定，合肥市第四十六中學與合肥師範大學附屬初級中學合並，整建制遷至濱湖新區。學校名稱仍為“合肥市第四十六中學”，隸屬包河區教育局，成為合肥市第壹所公辦全日制寄宿制初級中學。
學校先後被評為安徽省體育傳統項目學校、合肥市特色初中、合肥市科普示範學校、合肥市文明單位、合肥市A級管理學校、綜治模範單位、綠化先進單位、雙擁模範單位、創建國家衛生城市先進單位。
強強聯手辦新學校，全力打造輝煌未來。新合肥46中將將充分發揮名校和公辦寄宿制學校兩大優勢，按照壹流的設施、壹流的設備、壹流的師資、壹流的管理、壹流的服務、壹流的質量的標準，高起點、高質量地建設壹所富有魅力的新湖畔學校。開好頭，三年成效顯著，五年輝煌，努力成為全國知名、全省壹流、具有名牌特色的初中，擴大優質教育資源的社會效益，更好地滿足人民群眾“好學好學”的需求，為合肥教育均衡發展和合肥現代化濱湖城市建設做出貢獻。