第二層是企業業務流程的優化和改造。壹些條件和基礎較好的物流企業在經過壹段時間的經營後，在利益機制的驅動下，不斷追求降低成本、加快資金周轉，將系統論和優化技術應用於物流流程設計和改造，並融入新的管理體系。這時候信息系統就有兩個作用:壹個是把新的流程或者管理制度固化下來，這樣就可以規範執行；二是提供指定流程中的優化操作方案，如存儲和存取的優化方案、運輸路徑的優化方案等。此時，信息系統的主要功能是固化管理和優化運行。這種信息化建設涉及流程，所以具有非常明顯的行業特征。
第三個層次是供應鏈的形成和供應鏈管理作用的日益增強，其中物流管理是主要組成部分。這個層面要解決的問題是提高整個供應鏈的效率和競爭力。主要是通過對上下遊企業的信息反饋服務來提高供應鏈的局部和整體效益，如制造商與銷售商、供應商與采購商之間的合作。供應鏈的基礎是建立壹個互惠互利的機制，但是這個機制需要壹定的技術方案來保證。信息系統是實現這種互利機制的根本手段。比如，賣方的庫存由供應商的自動補貨系統管理，制造商的生產計劃根據賣方的市場預測來安排。