威斯特伐利亞體系的主體是主權國家。主權國家是在現代民族國家的形成過程中建構起來的，它具有兩個基本特征，即對內最高，對外獨立。主權國家之間的關系通常由國際法界定和規範。表面上看，主權國家呈現平行格局。正如有學者所說，“威斯特伐利亞體系是由許多大小不壹的國家組成的。不存在淩駕於其他國家之上的強大中心，構成國際秩序的基本規範是至少法律上平等的國家之間的並列。”然而，自威斯特伐利亞體系形成以來，國與國之間的關系長期被“物競天擇，適者生存”的弱肉強食法則所支配。體系中大國與小國、強國與弱國的關系，很難用主權平等來界定。
具體區別如下:
①系統的行動者不同。宗藩體制的主體是按照東方政治文化構建的宗主國和附庸國，而威斯特伐利亞體制的主體可以看作是不完全的主權國家。兩者之間的分野很難單純用平等來判斷。
②系統的權力結構不同。宗藩體制的權力結構體現為中華帝國主導的縱向等級結構，其內部形式通常隨著宗主國的興衰而變化。威斯特伐利亞體系可以看作是壹種橫向平衡的權力結構，其內部形態隨著體系內國家權力的興衰而變化。
③系統的組織原則不同。宗藩體制的組織原則主要是根據宗藩之間的不同地位而賦予不同的權利和義務；威斯特伐利亞體系的組織原則主要體現在大國協商和國際法的適用上。
④系統的目標和需求不同。中國作為宗主國，對制度的基本需求是通過延伸內部的優劣秩序來維持制度的穩定與和平，進而為內部農業生產創造有效的外部環境。威斯特伐利亞體系的目標訴求可以體現為排他性利益，排他性利益與工商業社會的發生和發展密切相關，以爭奪原料、市場和投資場所為目標。
⑤演員互動方式不同。
有關更多詳細信息，請參見:
“宗藩體系和威斯特伐利亞體系。
——兩個經典國際體系的比較與啟示”胡立中邢新宇。
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