徽州社會經濟史方向:徽州自唐宋以來逐漸形成了獨特的以宗族制度為基礎的社會結構，形成並積累了獨特的地域文化。在中國歷史上，新安理學、徽商、徽州文藝以及壹大批歷史名人都產生了重要影響。20世紀80年代以來，基於文獻和田野調查的徽州區域地理研究引起了國內外學術界的廣泛關註，日本、美國、韓國、英國、荷蘭等國的學者紛紛將徽州區域文化作為研究課題。該中心研究人員在這壹領域的研究具有跨學科和綜合性研究的特點。在徽州宗族、徽商、徽州民間法、徽州民間藝術、徽州歷史人物、徽州建築文化等方面，發表了《兩站集》、《徽州宗族研究》、《胡宗憲評點》等壹大批學術成果。重大項目“徽州文化遺存調查研究”已接近尾聲。徽州法律文獻與民間法研究、新安學術史研究、徽州村落研究開發等重大項目也在進行中。
徽州文化資源的開發利用方向:徽州及周邊地區的文化資源正成為發展旅遊經濟越來越重要的資源。該中心積極推動文化資源向旅遊資源轉化，為地方經濟發展服務。通過深度挖掘，豐富旅遊的文化內涵，輔助地方發展規劃。另壹方面，通過科學研究，呼籲保護文化資源，倡導可持續旅遊發展。目前，該中心正在開展的主要項目有兩個，壹個是“黃山市旅遊業可持續發展研究”，另壹個是“徽州村落研究與開發”。其成果直接為政府及相關部門和企業提供咨詢服務。
除了日常的學術研究活動，中心還編輯大型學術叢書《薛輝》，每年出版壹冊，編輯《薛輝研究通訊》，傳遞學術信息。中心還招收歷史文獻學博士生和專修史、中國哲學、中國古代文學、中國古典文獻學、戲劇與戲劇、社會學等相關學科的碩士生，積極培養後續人才。