循證醫學和傳統臨床醫學的主要目的是解決臨床問題，但兩者在很多方面是不同的。
(1)傳統臨床醫學文獻檢索不系統、不完整；另壹方面，循證醫學系統和完整地搜索文獻，這為在循證醫學實踐中獲得最佳證據奠定了堅實的基礎。
(2)傳統臨床醫學缺乏評價標準，評價證據不嚴格且有偏差；循證醫學需要科學地鑒定壹個研究證據的質量，分析其真實性，進壹步評估其在臨床醫學上是否有重大價值，最後看這個證據能否應用於具體的臨床實踐，使嚴格評估的證據真實、可靠、適用。
(3)傳統臨床醫學認為，掌握疾病的發病機制和病理生理原理，結合來自非系統觀察的臨床經驗，可以判斷患者的預後、療效和評價診療方法。這樣指導臨床決策的科學性有限，實用性也不壹定。循證醫學認為這些並不是指導臨床實踐的全部依據，強調從系統研究中獲得的最佳證據，對指導臨床決策具有科學性。
(4)傳統的臨床醫學只是通過傳統的醫學培訓方式來評價新的診療方法，往往使得壹些有效的療法長期得不到推廣，而壹些無效或有害的療法卻被廣泛使用，高成本購買的醫療服務效果不佳，提高醫療水平的能力不確定。
循證醫學是基於研究證據的臨床實踐，可以縮小不同地區臨床實踐的差異；在新藥研發中采用更科學的臨床試驗方法，更容易獲得療效確切、副作用少的新藥；
通過對醫療措施的評價和規範，根據科學證據制定醫療費用補償政策，合理高效利用有限的衛生資源；根據證據選擇治療措施，可以滿足足病患者獲得有效、經濟的醫療服務的需求；治療的過程從以醫生為中心轉變為以病人為中心，治療效果被重新定義，從而不斷提高整體醫療水平。