張仲景的《傷寒論》問世後不久，由於戰亂或抄寫的原因而損毀，對該書進行整理是非常有必要的。是王叔和，壹位著名的醫學家，第壹次開始了這項工作。
他在《傷寒論》中說:“今搜采仲景舊論，錄其證、脈診、音律，對該病真方頗有心得者，意欲防備天下之急。”說明他對《傷寒論》的研究是從脈、證、方、治入手，即按照張仲景辨證論治的精神。在現行版本的《傷寒論》中，壹般認為王叔和增加了《辨脈法》、《平脈法》、《傷寒例》三篇，以及以下《非汗脈證辨治法》八篇。從太陽病、脈象辨證到陰陽病、脈象辨證共十篇，保存了張仲景溫病辨證的主要內容，也是現行《傷寒論》的主體部分。以下八章“證與非汗癥證的辨治”主要是王叔和從仲景的治法及其用治法分析《傷寒論》對《傷寒論》研究的終結。
王叔和編纂的《傷寒論》受到後人的批評。控訴者是方友芝和於，而方友芝在明代寫《傷寒論》，認為平脈是對經典的褒揚，還說何叔抄了《傷寒論》，使鐘路之道不吉利。“究其謀反，何叔也是罪魁禍首。”所以他說《傷寒論》原文不容易說得通，又說王叔和編書時出了錯。然而，歷代醫家大多客觀評價王叔和的《傷寒論》。宋代林逋說“我在仲景八百余年，惟吾叔與我能學”。晉代程無忌說:“仲景《傷寒論》可通天下，不倒地者亦可和”；明初說:“叔公及集仲景舊論之散人，為此書立下汗馬功勞”，同時批評王在書中夾雜自己的言論；玉石不分，主客體混淆；總的來說，由於王叔和與張仲景的生活年代接近，所以他編的書應該更接近張仲景書的原貌。既要肯定傳書的可取之處，又要把仲景的發汗、嘔吐、瀉下、溫、針、灸、水、火等方法進行分類比較，也適合臨床應用，使之397更符合實際。
(二)《黃帝內經》
南北朝時期，出現了壹部註釋《黃帝內經》的著作，即齊梁全《內經註》，這是已知最早的《黃帝內經》校勘書。
由原泉校勘的《蘇文》版本在北宋時很流行，但後來失傳了。今天，我們可以在林翼等人修訂的《再廣布黃澍地內蘇靜文》壹書中看到該卷的內容以及從整個元代開始整理的少量註釋。比如他在解釋蘇文怒論中的“風入氣，精則亡，邪則傷肝”時說:“陰陽相亂，風則攻精，邪則入肝。”解釋“殷琦”為內因，“風客”為外因，合理分析了病理機制。再如《蘇文熱》中的說法“三陽之經皆拜其病，不入臟，故能發汗”，全家視“臟”為“腑”，並解釋“傷寒之病起於皮膚，漸超過另壹陽之病，不入屋，故須發汗，散其寒熱。雖然我們不能看到蘇文的全貌，原泉的校註，我們也可以看到他的學術造詣之壹。
(3)《神農本草經》陶弘景撰寫的《神農本草經註》，不僅保存了《神農本草經》中的365種原藥，還補充了東漢名醫使用的365種藥物。
上述四部古籍文獻分別由魯光、、全、陶弘景校註，對中醫學的發展和後世的文獻研究產生了深遠的影響。