1.配方與制粉:將按配方配制的藥物經烘幹或曬幹後，用制粉機磨成細粉，裝入無菌盆中備用，然後制粒。
2.蜂蜜的配制:蜂蜜的配制是按照藥粉重量以1: 1.2 ~ 1.5的比例配制蜂蜜(例如1000克藥粉配1200~1500克蜂蜜；如果藥材中糖、膠或澱粉較多，可按1:1~1.2的比例配制)。
3、煉蜜:煉蜜就是煉蜜，其目的是去除雜質，破壞酶，殺滅細菌，蒸發水分，增強粘度。
煉蜂蜜時，先用武火將蜂蜜煮沸，再用文火慢慢煮沸，同時在旁邊放壹碗涼水，並註意觀察蜂蜜的顏色。當蜂蜜變黃時，用竹筷蘸壹滴蜂蜜，然後將竹筷移到冷水碗上方，讓蜂蜜滴入水中。如果蜂蜜在水中不分散，不沈到底，也就是“水滴成珠”，那就算煉好了(如果蜂蜜沒有煮，就不會做成藥丸，當然煮多了也不好)
煉蜜有三種，分別是嫩蜜、中蜜、老蜜:
“嫩蜜”是將生蜜煮沸至溫度達到105℃ ~ 115℃，過濾去沫而成。它的顏色變化不明顯，失水較少，略粘。適用於澱粉、粘液、糖、脂肪等粘性較大的藥材制丸。
“中蜜”是長時間加熱煮沸的白絲或嫩蜜加熱到116℃~ 118℃。泡沫是淡紅色的，用手摸很粘，但是不能拉伸。適用於制有壹些粘性或壹些纖維的藥丸。
“老蜜”是將生蜜加熱更長時間或把嫩蜜、中蜜加熱到119℃ ~ 122℃，使水分充分蒸發，氣泡呈紅褐色有光澤，能拉出白色的絲。適用於用大量纖維性或礦物性藥材制丸，粘性差。
大部分蜜丸用的是中蜜，1000克蜂蜜能出800克左右的煉蜜；1000克中藥粉末，大約要用1200克煉蜜。
混合藥物和調和藥物
將煮好的蜂蜜用勺子倒入消毒盆所裝的粉末中，同時用粗竹筷攪拌，就像平時做餃子前加水和面粉壹樣，邊倒蜂蜜邊拌粉，待幹粉基本看不見時停止加蜂蜜(註意不要加太多，蜂蜜太多不易形成藥丸)。
如果壹開始沒有很好的掌握蜂蜜的總量，這時候調蜂蜜可以根據粉的幹濕度來補救。混合後，將藥物和蜂蜜放入消毒盆中，揉成團狀。
為了避免藥丸粘在手上或器皿上，在搓條、拌丸時可在手掌上塗少量甘油、香油或花生油，不僅不易粘，而且使藥丸光滑光亮。
如果每粒丸重10g，壹粒藥重3000g，就制成300粒。調和好的藥丸可以分成三塊，每塊又可以分成五小塊。搓條後，每坨可切成20段，每段可搓壹丸。其余的是允許的。