有機肥在氮、磷、鉀中的含量不夠，尤其是在氮的供應上，中微量元素的供應也不足。另外，作物在生長期還是需要壹些速效肥料來維持生長，所以逐步使用有機肥代替化肥才是正道。如果全部用有機肥代替，可能會造成缺肥。
目前有機肥的施用壹般以有機肥為主，很多人都在說50%有機肥+50%復合肥。這個方案應該是從營養成分來計算，而不是體重。雖然說多施有機肥有利於土壤改良，但部分有機肥來源可能存在問題，可能會造成重金屬或抗生素等二次汙染。農家肥作為有機肥的話，壹定要徹底腐熟。
有機肥主要來源於動植物，如動物糞便、植物殘體等。經過發酵、分解等壹系列過程，去除了有毒有害物質，但富含氮、磷、鉀等營養物質和大量氨基酸、黃腐酸等有益物質。
與化肥相比，有機肥有以下優點。壹、有機肥含有豐富而全面的養分，不僅能為作物提供全面的養分供應，還能增加土壤中有機質的含量，促進微生物的活動，有利於改善土壤的理化性質和生物活性，從而提高土壤肥力。而化肥含有的營養元素相對單壹，如果過量施用，會破壞土壤結構，導致土壤板結。二是有機肥養分含量低，但釋放慢，肥效期比較長。化肥養分含量高，施入土壤後見效快，但肥效期短(不含緩釋肥)。第三，施用有機肥可以改善果實品質和口感，而過量施用化肥會降低果實品質。
但就我國目前的農業生產情況來看，有機肥完全替代化肥的難度很大。主要是因為我國正在大力發展水肥壹體化，倡導水肥耦合，滴灌、微噴施肥等節水灌溉施肥技術的應用面積越來越大。肥料溶於水才能用水施。但目前普通有機肥不溶於水，大部分只能作為基肥施用。長季節生長的作物，還是需要在作物長勢旺盛的時候補充肥料。這個時候有機肥的施入(比如用塑料薄膜覆蓋)就比較困難，而化肥的施入會相對簡單壹些。比如水溶性肥料，可以用水溶解後再施入。同時，由於化肥養分含量高，種類多，可以根據作物的元素缺乏癥狀進行針對性的補充，比如鈣肥。
但隨著化肥過量施用帶來的危害越來越大，有機肥替代化肥將是趨勢，但還有很長的路要走。可開發功能性有機肥，如黃腐酸肥和可應用於滴灌等節水設施的有機肥。