在古希臘羅馬哲學中，本體論的研究主要是探索世界的起源或母體。各種學派的哲學家試圖將世界的存在歸結於某種物質和精神實體或某種抽象原理。巴門尼德提出了唯壹不可改變的原始“存在”，使得對存在的研究成為這壹時期的主題。亞裏士多德認為，哲學研究的主要對象是實體，實體或本體論的問題是關於本質、相和個別事物的問題。他認為研究實體或本體的哲學是高於所有其他科學的第壹哲學。此後，本體論的研究轉向探討本質與現象、* *與超常、壹般與個別的關系。在現代西方哲學中，笛卡爾首先把第壹種研究實體或本體論的哲學稱為“形而上學本體論”。在17~18世紀期間，萊布尼茨和他的繼承者沃爾夫試圖建立壹套完整的關於壹般存在和世界本質的形而上學，即獨立的本體論體系。沃爾夫把將軍和晉朝看作是脫離個體、單壹、獨立的本質和原因。壹方面，康德認為不可能建立抽象的本體論，本體論只能研究事物的普遍本質和物質存在與精神存在的區別；另壹方面，本體論被從認識論中分離出來的先驗哲學體系所取代。黑格爾在唯心主義的基礎上提出了本體論、認識論和邏輯學的統壹原則，從純粹存在的概念出發，構建了存在本身辯證發展的邏輯體系。
在現代西方哲學中，壹些流派(實證主義、分析哲學等。)反對任何形而上學和本體論。但也有人試圖重新建立存在主義的本體論，如胡塞爾的先驗本體論、海德格爾的基礎本體論、哈特曼的批判本體論等。他們往往依靠超感和非理性的直覺來建立概念體系，他們的觀點是唯心主義的或不可知論的，往往與錯誤的社會觀點聯系在壹起，這些觀點得到宗教哲學的支持。
在中國古代哲學中，本體論被稱為“根本論”，是指探索世界萬物產生、存在、發展和變化的根本原因和依據的學說。中國古代哲學家壹般把宇宙的根源歸結為與宇宙完全不同的東西，大致可以分為三類:(1)沒有固定形態的物質，如“氣”；(2)“無”、“理”等抽象概念或原理；(3)主觀精神，如“心”。這三種觀點分別屬於樸素唯物主義、客觀唯心主義和主觀唯心主義。在中國哲學史的研究中，有學者用“本體論”壹詞來指代在物質世界之外尋找物質世界存在依據的唯心主義理論，如魏晉時期王弼的《貴護》。