上海科學院的科研工作歸中國科學院管轄，日常行政工作由上海領導。上海分院以1950年3月國務院批準的中國科學院華東辦事處為起點，在上海和南京接管和改造了原國立中央研究院和國立北平研究院的研究機構。2月更名為上海辦事處1955，10月成立上海分公司165438+65438+。1970年，中國科學院分院體制被撤銷，1977年，11年，中國科學院上海分院重新組建。
上海分院有19個機構(含上海分院):上海微系統與信息技術研究所、上海矽酸鹽研究所、上海光學精密機械研究所、上海應用物理研究所、上海技術物理研究所、上海有機化學研究所、上海營養與健康研究所、分子細胞科學卓越與創新中心(生物化學與細胞生物學研究所)、腦科學與智能技術卓越與創新中心(神經科學研究所)。
分子植物科學卓越與創新中心(植物生理生態研究所)、上海天文臺、上海醫學研究所、上海巴斯德研究所、福建物質結構研究所、寧波材料技術與工程研究所、城市環境研究所、上海高等研究院、微小衛星創新研究所。？
據2021 2月官網顯示，中科院上海分院擁有科研、管理和支持團隊13718人，其中專業技術人員9761人(其中高級研究員4087人)；擁有13國家重點實驗室和39個中科院重點實驗室，以及中科院上海教育基地、中科院上海國家技術轉移中心、中科院上海交叉學科研究中心。
研究領域:
上海分院各研究所學科門類齊全，在研究領域積累了長期優勢:在材料科學與技術領域，包括同步輻射、核科學與技術、高能密度物理、有機化學與有機材料、無機非金屬材料與金屬材料、天體物理、天文地球動力學與技術方法。
在信息科學技術領域，包括通信技術、微電子技術、光電子技術、激光技術、紅外技術等。在生命科學技術領域，包括生物化學與分子生物學、細胞生物學、神經生物學、植物生理學、分子遺傳學、創新藥物與生物技術、病毒學與免疫學、健康與營養研究等。
同時，加強學科交叉和融合，強化系統集成和提供解決方案的能力，著力在信息、新能源、新材料、空間、海洋、人口健康、大科學工程等領域布局，不斷提高創新能力和科研水平。