1.病斑產孢量的測定
病原菌的發育進程，如子囊菌的成熟進程，可作為小麥赤黴病、梨黑星病等病害的中短期預測依據。還可以確定病變的孢子形成面積和每單位面積的孢子形成量。產孢面積可用膠片或絲網印刷矩形網格來測量，或用直尺測量長寬，再乘以壹定系數，計算出較大病斑的面積。測定產孢量的方法通常采用套筒法，即將產孢葉片插入開口向上的大試管中。為了防止試管內通風不良，冷凝水也可以改成兩端開口的J形管。每次換管前，應將葉片上的孢子抖落到管內，或用少量0.3%吐溫溶液沖洗(包括管壁)。洗滌液直接或離心後，用血細胞計數器在顯微鏡下檢查孢子的數量。懸液的孢子量也可用分光光度計比濁法校準。蘇海等人(1990)利用透明膠帶粘貼葉片在孢子堆附近形成小氣室測定小麥葉銹菌單孢堆產孢量，取得了較好的效果。
2.空氣中孢子數量和葉面孢子數量的監測
空氣傳播疾病的媒介數量是疾病預測的重要依據。除了上面提到的病斑產孢量的測定，還有很多人對空氣中的產孢量和葉片上的產孢量進行了監測。捕捉氣載孢子的方法有很多種，大致可以分為有動力和無動力兩種。最簡單的方法是幻燈片方法。只要在載玻片上塗上凡士林，平鋪在作物冠層的不同高度，或者在地裏豎起壹根木桿，在不同高度、不同方向鋸出壹些縫隙，然後在縫隙處粘上兩片塗有凡士林的載玻片。定期更換載玻片以檢查每個區域的孢子數量或整個載玻片上的孢子數量。電動孢子捕捉器，如轉子桿取樣器和車載孢子捕捉器。它們可以定時開關，由於通過膠棒的風量增加，即使在無風的天氣條件下也能達到更好的捕捉效果。
在壹些特殊場合，也采用生物捕捉法，即在無菌條件下培養被侵染的植物，定期移至需要監測的場所，暴露壹定時間後再移至無菌條件下誘發病害。在小麥條銹病研究中，在交通不便的山區不同海拔高度種植少量高感品種，定期觀測其發病情況。當然，這種監測不僅僅局限於病原體，還包括對致病情況的監測。
3.生理小種的檢測
生理小種是由種、變種或特化類型內的生物型或生物型組成的類群。病原菌生理小種之間沒有形態上的差異，主要是根據其對不同品種的毒力差異來劃分的。在疾病流行預測中，了解病原體種群中不同種族的比例及其變化是非常重要的。因此，需要收集大量的病原標準樣品，通過單孢(或單病斑單孢堆)分離，然後在壹套鑒定寄主上鑒定其小種。從而獲得各種族出現頻率(或比例)。自1964以來，我國長期開展小麥條銹病生理小種的監測工作。該監測是小麥條銹病流行預測的重要依據，對抗病育種也具有指導意義。