清朝對少數民族聚居的邊疆治理得非常成功。周總理曾說:“清朝以前，明、宋、唐、漢，都不如清朝統壹。”清朝對西南地區的管理改為因地制宜，采取以下措施對蒙古、東北、西北邊境地區進行治理和管理。
壹、設立軍事行政機關管轄
清朝對這些地方的統治和管理與壹般省份不同。沒有總督，但采取軍政府制度，八旗由將軍駐守。
東北在清朝是龍興之地，順治康熙年間俄國已將觸角伸向黑龍江流域。清朝統治者非常重視，在這裏實行軍政府制度，分為盛京將軍、吉林將軍將軍、黑龍江將軍，軍政民兼。建了很多城，設了總經理和副總司令，駐軍四萬，而內地各省駐軍只有16000人。
內外蒙古實行盟旗制。這壹制度首先在內蒙古實行，隨後傳入外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住區。旗制類似八旗制，是政治組織，軍事組織，社會組織。這個聯盟由幾面旗幟組成。各旗由清廷從旗的諸侯、太極或塔布中任命負責旗務的，加上2-3名助理太極協助旗務。此外，掌管旗務的張靜掌管旗務，還有壹兩個副手張靜掌管旗務。同時，內外蒙古還實行軍政府制度。內蒙古有察哈爾將軍、熱河將軍、綏遠成將軍，外蒙古有烏裏雅蘇臺將軍、參贊科布多將軍。綏遠、張家口2萬余人，吉福、熱河、陵園圍場1.7萬人。
西北地區的新疆因民族雜居，行政體制也有所不同。烏魯木齊、八裏沖等地實行縣制，蒙古族聚居的地方，實行旗制，天山南路實行羈縻。整個西北地區也實行軍政府制度，伊犁將軍和18000士兵駐紮在西北。
清朝從皇太極開始就有蒙古衙門，是管理蒙古少數民族事務的機構。崇德三年，改名為李範園。順治朝以後，這個院依然存在，職能擴大到了回民部和藩屬部。“發貴族俸祿，設朝廷會議，加以懲罰，控制安撫國家，以鞏固國家。”
第二，利用宗教，實行政教合壹
喇嘛教盛行於蒙古，統治者利用它進行統治，實行政教合壹。清政府本著“修其教不易”的原則，順應他們的習俗，在蒙古大量修建寺廟，免除喇嘛的稅捐，授予活佛和上喇嘛爵位和特權，並授予四位喇嘛教領袖，分別在衛藏、漠南、漠北主持宗教事務。
第三，設置軍事崗位
東北、蒙古、新疆沿國境線設立克倫族哨所，派官兵把守。分三類:“永久克倫”，士兵長期駐紮，“動克倫”和“加克倫”根據冷暖季節移動，“加克倫”是天暖時設，天冷時撤。
第四，設立郵局
清政府在東北、西北、西藏建立驛站傳遞文書，為盡快了解邊境情況，及時向這些地區傳達詔令提供了便利。此外，釋放站還可以為運送軍餉和武器的人員、車馬提供休息和住宿，以保證平叛的需要。
五、善良與威望的結合
所謂恩威結合，就是用恩威鎮壓少數民族的割據和叛亂，籠絡他們的上層階級。平定噶爾丹叛亂，平定阿拉波、坦桑尼亞叛亂，平定西藏朱爾莫特叛亂。把少數民族上層的爵位爭取過來，給他們豐厚的俸祿，把蒙古貴族的女兒娶為妾，讓他們去北京或者避暑山莊見皇帝，都是好意。
清政府通過這些措施有效地鞏固了國家統壹和領土完整。
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