(1)從水域保護和資源開發的結構來看，水域環境惡化、資源衰退的現象越來越嚴重。由於工業和生活汙水的大量排放、突發性汙染事故和工程建設項目對魚類棲息地的嚴重破壞，加上養殖生產密度高、自身汙染嚴重，漁業水域生態環境受到嚴重汙染和破壞，自然漁業資源和水產養殖都受到威脅，特別是汙染破壞了壹些經濟魚類的近岸產卵場和養殖水域，嚴重降低了魚類的繁殖能力，加劇了漁業資源的衰退。
(2)從養殖結構看，養殖品種單壹，結構雷同，養殖方式落後，新優品種少，名優產品比例低，病害和汙染嚴重。
(3)從海洋捕撈結構看，國內漁船增長勢頭沒有得到有效控制，海洋漁業資源保護難度很大，以開發公海漁業資源為主的海洋漁業比重還很小。隨著國際海洋體系的建立和《國際海洋法公約》的實施，中日、中韓漁業協定的簽署將正式生效，中國傳統漁場將減少。隨著國際油價的不斷上漲，國內市場油價上漲，大大增加了漁業成本。此外，國內外漁業產品價格過低，導致海洋捕撈的經濟效益較低。
(4)從水產品加工流通結構看，加工企業規模小，生產設備老化，保鮮加工技術落後，嚴重制約了加工業的發展。加工、流通及相關產業發展相對落後，初級產品多，加工產品少，粗加工產品多，深加工和高附加值產品少，漁業比較效益下降，漁民增收難度加大。
(5)從水產品供給結構看，由於水產品養殖品種不合理，名優品種比重小，產業化水平低，不適應國內外市場需求變化，主產區不同程度存在區域性、結構性產品過剩和價格下降。
(6)從漁政和市場流通結構來看，在我國實際的漁政執法工作中，受經濟利益的驅動，往往是“分級管理多，統壹領導少”。