之後日本人壹直過著相對封閉的島國生活，就像人猿泰山壹樣，“噢噢”地從壹棵樹上蕩秋千到另壹棵樹上，也沒有自己的文字。4世紀中後期左右漢字才傳入日本，從此日本才有了記載文學。之後從中國源源不斷地輸入了大量的科學、技術、文化，壹直到明治維新（1868年）發生之前，日本人都在貪婪地向中國學習，過著沒有外來侵襲、相對平靜的生活。甚至在平安時代，哪怕是有壹個從中國輸入的小瓷瓶子，那也是很值得炫耀的。
1603年，德川幕府建立統治，長達二百六十年。第三代將軍德川家光時代，建立幕藩體制。幕府之下，全國分為各藩，全國號稱有“三百諸侯”。與中國相似，全國分為士農工商四級，不過此士非中國士，而是武士。德川幕府對天皇的控制超過前代幕府，包括經濟上也控制很嚴，民間常說天皇是“欲做詩，卻無紙”。
十六世紀，葡萄牙人來到日本，向日本人民傳天主教，飽受壓迫的日本農民很快接受了天主教。幕府很快察覺天主教對統治者的嚴重威脅，遂大肆鎮壓。殺害天主教徒達二十八萬之眾。但這樣還不能禁止人民信教，幕府壹不做二不休，幹脆全面鎖國，自1633年到1639年連發五道鎖國令，規定全國檢舉天主教徒，不給天主教在日本有壹點立足之地。並禁止壹切西方人來日貿易，同時規定日本人在海外者不許回國，日本人不得出海。這些命令的壹個副作用是，中國沿海的倭寇從此絕跡。在日西方人被隔離到壹個名叫出島的小島，與日本人隔絕。幕府的措施取得了壹定效果，自此國內表面上平安無事，局面穩定。不過，實際上，幕府以表面穩定為代價拒絕外來文明的鎖國政策，使得日本民族的發展陷於停滯，十七世紀初日本出現的變革活力被窒息了。此後二百余年的德川幕府統治被後來的日本人認為是日本落後時期的代名詞。
形勢的穩定使得武士階層馬放南山，沈淪於遊樂之中，而商人階層崛起，大名武士皆拜在商人腳下，日本民謠說，“大阪商人壹怒，天下諸侯驚懼”。而且商人還花錢買來武士刀，搖身壹變成為武士。
日本鎖國後，獨有兩國可以繼續對日貿易，壹是荷蘭，因為荷蘭是新教國家，對傳教不感興趣，只註重貿易，另壹國就是中國。
同時，荷蘭的實用性書籍也漸漸傳入日本，在日本形成蘭學，蘭學與儒學和國學並立。
1754年，山脅東洋發表人體解剖報告，揭開了日本啟蒙的序幕。蘭學對日本思想文化和生活造成全面沖擊。幕府發現了蘭學對其統治的威脅，即行鎮壓，但蘭學已經完成了對日本近代文化的啟蒙，動搖了人們對幕府統治的信念。有識之士開始思考如何使日本接受西方先進文化的影響。
1840年，鴉片戰爭爆發，日本舉國震驚，天朝的形象開始崩潰。但幕府仍沈緬於表面上的穩定，采取駝鳥政策，不知大難將至。
1853年，佩裏將軍率領的美國海軍艦隊用鐵炮打開了日本閉關鎖國的大門，與日本簽訂了不平等的貿易協定。感覺到身陷囹圄的日本人，為了圖強救國，掉頭開始向歐美學習先進的西方文明。1868年明治維新，實行君主立憲制，1889年推出新憲法，這部憲法使日本成為被西方國家認同的先進國家。1894年至1895年中日甲午戰爭。1896年中國第壹次向日本派遣留學生，這是中日關系史上的壹次大逆轉。更讓西方乃至全世界刮目相看的是在1904年至1906年的日俄戰爭中，日本戰勝了西方強國俄羅斯。之後日本不斷地鞏固經濟實力，明確政治體制，改變社會結構，到1912年明治天皇逝世時，日本幾經成為了壹個名副其實的發達國家。
之後日本開始走向軍國主義的危險道路，壹戰，二戰結束後，日本幾乎成為廢墟。到1955年，僅用了短短十年的時間就恢復了戰爭創傷，經濟實力達到戰前水平。1964年開通第壹條快速鐵路新幹線（東京至大阪），同年成功舉辦東京奧運會。之後經濟飛速發展，1972年國民生產總值超過英法，成為排在美國之後的世界第二大經濟大國。
1853年，美國將軍佩利的四艘黑船駛近江戶，日本上下壹片恐慌。次年，佩利再進日本，強迫幕府簽定不平等條約《日美親善條約》，此後，歐洲各國紛紛與日本簽定不平等條約，日本閉關鎖國時代被打破。
其間，日本唯壹的歐洲友邦荷蘭多次致信幕府，善意勸告其盡快開放，以免如中國般遭受大禍，但幕府雖表示感謝，卻拒絕開放。但日本憂國憂民的有識之士們卻認識到，只有解禁，才是日本唯壹的出路，而幕府堅持鎖國。
在此期間，佐久間象山和橫井小楠是開國論者的代表，他們從魏源的《海國圖誌》得到啟發，提出“東洋道德，西洋技術”。
同時，日本傳統的文化體系也遭到沖擊，日本人對中國文化發生懷疑。山鹿素行說，日本才應該是中國，因為中國戰亂頻仍，而日本正統相繼。還有國學家抨擊清代中國人虛偽，而日本的大和心與古中國人那樣有活生生的思想感情。日本人本居宣戰認為，中華世界虛偽狡詐，政治不修，而日本則“春日明凈”。他們將那些“妄自眩目於支那學說”的日本人斥為“腐儒庸醫”，總之，認為中華文化與上古時相比已失去活力，趨於死亡。日本思想界急於向西方先進思潮學習。
面對西方列強的侵略，日本人感到國難當頭，幕府則成為日本進步的障礙。武士大鹽平八郎發動起義，打響了倒幕第壹炮。大鹽平八郎是壹警官，對幕府統治的黑暗極為不滿。有壹年過年，他身穿新衣吃年夜飯，思及許多窮人，無心下咽，賦詩壹首：
著得新衣祝新年，羹餅味濃易下咽。忽思城中多菜色，壹身溫飽愧於天。
大鹽平八郎起義被幕府鎮壓，兵敗身死，而幕府的腐朽統治也到了滅亡的前夜。