對轉基因作物的安全性進行評估涉及壹個重要原則：實質等同性（substantial equivalence）。轉基因食品與傳統食品的實質等同性包括：①表型性狀：如植物的形態、產量、抗病蟲等性狀；②組成成分：包括關鍵性營養成分（如脂肪、蛋白質、碳水化合物）和毒性物質（如馬鈴薯中的茄堿、番茄中的α-番茄素）；③特定差異：如果轉基因食品與傳統食品有特定差異，那麽安全性分析應該集中在這些特定性差異上。如引入的基因是編碼壹種還是多種蛋白質、是否產生新的化合物、產生的新的蛋白質的安全性問題。1996年，第二屆糧農組織（FAO）和世界衛生組織（WHO）將來自轉基因的植物、動物、微生物劃分為3類：①與市場上銷售的傳統食品有實質等同性；②除某些特定差異外，與傳統食品有實質等同性；③與傳統食品沒有實質等同性。