ELISA（酶聯免疫吸附法）
ELISA具備了酶反應的高靈敏度和抗原抗體反應的特異性，具有簡便、快速、費用低等特點，但易出現本底過高的問題，且只能檢測目的蛋白抗原性沒有明顯變化的粗加工產品。直接法和雙抗夾心法都要制備特異的酶標抗體，制備方法較繁瑣，且壹種酶標抗體只能檢測壹種蛋白，而適用於間接法的酶標抗抗體已有商品出售。壹種轉基因蛋白的檢測試劑盒是否能在表達相同外源蛋白的不同植物之間通用還要進行試驗。
側向流動免疫測定法：
“側流”型免疫測定是最近15年發展起來的，該方法之前主要用於醫學領域。與ELISA相似，這種測定方法也是基於三明治夾心式技術原理，但該方法是在壹種固相支持物上而不是在管子裏進行，標記的抗原-抗體復合物側向遷移，直至遇到在壹種固定表面上的抗體。目前市場上已出現了用於側向流動免疫測定並能用於野外測試的試劑盒。與DNA為基礎的檢測方法相比，該方法的樣品處理簡單。由於目標蛋白壹般是水溶的且抗體具有高度專壹性，因此檢測樣品僅需要初步處理便能達到測試的要求，具有快速、簡便、適合野外操作等優點。側向流動免疫測定試紙條是壹種很快速簡便的定性檢測方法，將試紙條放在待測樣品抽提物中，5～10分鐘就可得出結果，不需要特殊儀器和熟練技能。但壹種試紙條只能檢測壹種蛋白質，且只能檢測有無存在外源蛋白而不能區分具體的轉基因品種。側向流動免疫測定方法是定性或是半定量。按照合適的采樣步驟，可以在給定的壹批樣品中以99%的置信水平檢測出少於0.15%的轉基因成分。
普通聚合酶鏈式反應（PCR）的優缺點
優點：
1)準確度較高
2)靈敏度高
3)價格低
缺點：
1)操作復雜需要壹定的專業背景
2)電泳時使用的染料對人體有壹定危害
3)只能檢測壹個指標
實時熒光定量PCR（qPCR）的優缺點
優點
1)靈敏度高
2)準確度高
3)高通量
4)可以實現實時監控
5)可以實現定量判斷
缺點
1)價格高昂
2)操作復雜
3)配套產品少
4)維護費用高
恒溫熒光PCR檢測方法：
恒溫PCR技術的特點可以概括為比PCR更準確、快速、易於實現。因實現恒溫擴增，特殊的引物設計，使得檢測更準確；無變性、退火等環節，全過程均在進行DNA片段的復制，沒有時間損耗，使檢測更快速；無熱循環需求，設備簡單，更易於推廣應用。為PCR技術推廣應用創造了全新的空間。目前主流的實時恒溫熒光PCR儀有廣州迪澳生物Deou—308C恒溫熒光檢測儀、3M Molecular Detection System、Optigene Genie II 和 Genie III、Qiagen TuberScaner II、Envirologix DNAble等。