查閱蒙古歷史文獻，“察哈爾”有其久遠的歷史。1206年成吉思汗稱汗，蒙古帝國從此建立。成吉思汗在賜封了各位功臣之後，首先擴充了號稱“怯薛”的萬人護衛軍。
成吉思汗把這壹萬名護衛，分成10個千戶。每1000名為壹個集體，各有他們不同的職責。成吉思汗親自為這壹萬名怯薛軍制定了明確的分工和規則。這支怯薛軍是成吉思汗保障自身安全和鞏固其政權的壹個重要支柱。成吉思汗為這支軍隊制定嚴密的護衛制度的同時也給予他們種種特權，並使他們直接歸屬於自己掌管和在嫡系親信控制之下。成吉思汗之後的窩闊臺汗，照例繼承了成吉思汗的怯薛軍制度。元朝建立以後，也始終繼承著這壹制度，怯薛軍由大元皇帝或親信大臣直接節制。其軍隊數額都保持在萬人以內。據史料記載，在元朝時，有部分西域的欽察人、康裏人、阿速人、唐兀人被編入護衛軍內，這說明在怯薛軍內還融入了西方人種。元朝滅亡，蒙古人退回漠北以後，蒙古人仍保留著其舊制，特別是到了北元達延汗時代，這壹點更為明顯。達延汗再度統壹蒙古，在重新劃分各萬戶時，依照成吉思汗的舊例，建立了自己的護衛軍——中央察哈爾萬戶。這樣，成吉思汗的怯薛軍也就延續到了察哈爾中央萬戶。察哈爾萬戶是壹支戰鬥力極強的蒙古大汗貼身護衛軍，同時也具備了軍事和生產雙重任務。
元朝滅亡，元廷北遷後，北元軍隊繼續與明軍作戰，形成了北元與明朝的南北對峙局面，蒙古社會進入了壹個動蕩的歷史時期。在這個時期，明朝對蒙古進行了為時半個世紀之久的戰爭。蒙古內部內訌時有發生，大大削弱了中央汗庭和黃金家族的權力和地位，使他們的權威逐漸衰落，蒙古異姓王領主的勢力乘機崛起，兼並領地，並企圖篡奪蒙古大汗之位。從此蒙古陷於長時期無休止的戰亂、分化和重組之中。蒙古族人民，包括領主，對自己所處的這個時代各部政治力量之間的激烈爭鬥深感失望。他們緬懷著祖先的輝煌業績，更渴望鞏固昔日大汗的正統地位。在這時，人們為了增強蒙古大汗身邊的護衛軍的崇高地位和激勵士氣，開始使用成吉思汗時代就已經出現的“察哈爾”之詞來命名護衛軍和大汗的直屬中央部落。從此“察哈爾”壹詞名揚天下，使蒙古大汗直屬部落又添加了壹個神聖的光環，使得“察哈爾”部在蒙古各部中與眾不同。從此以後，察哈爾部的傳統特殊的地位，如同成吉思汗直系後裔被後人尊奉為“黃金家族”壹樣，繼續被後人確認，壹直居於蒙古宗主部的地位，成為北元大汗政權的重要組成部分，甚至有時與大汗後裔相提並論，成了蒙古政權的代名詞。
達延汗時代蒙古六萬戶重新劃分的方式是完全按照成吉思汗時期的慣例進行的。達延汗把六萬戶分成左翼三萬戶和右翼三萬戶，大汗駐帳於察哈爾中央萬戶中。在察哈爾萬戶內部也劃分為左右兩翼，大汗駐帳於居中的老察哈爾營。這種劃分與成吉思汗的中軍及左右兩翼的軍事行政劃分非常相似。 元朝末年，全國爆發了農民大起義，動搖了元王朝的統治。1368年朱元璋在建康（今江蘇南京市）建立了明王朝，同年8月攻克元大都（今北京）。元朝政權與遼、金、西夏等少數民族政權不同，元順帝率領著黃金家族和所剩的軍隊撤退到了自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原，在中國完成了壹次少數民族政權從中原全身而退的“奇跡”。這要歸功於從成吉思汗開始的擴張，使得蒙古帝國幅員遼闊，而元朝的中國版圖只算蒙古帝國的壹部分，元朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗，對於蒙古各大汗國和部落享有宗主權。元朝的滅亡，只是使蒙古帝國失去了中原的領土，而蒙古帝國依然存在。蒙古貴族退出中原後，仍保持著對蒙古高原大漠南北的統治，與明王朝相抗衡，這個政權史稱“北元”。
元廷北遷後，元惠宗仍然企圖重新入主中原，不斷進行收復大都的軍事反攻。而明朝則打算乘勝消滅北元勢力，統壹全國，於是他們之間不斷有戰爭爆發，雙方勢均力敵，誰也無法取勝。這樣北元蒙古與明朝兩個政權對峙局面維持了長達二百余年。然而北元方面由於對明戰爭的失利，以及統治層內部的鬥爭，使蒙古的實力大大削弱，難以恢復昔日元王朝的輝煌。
明初以北元大汗為中心的蒙古各部，居住在漠北、漠南的蒙古高原上，與西部衛拉特蒙古相區別稱為“東蒙古”。北元大汗是成吉思汗黃金家族的後裔，被視為蒙古的正統。但是元亡之後，北元大汗再也無力實現對各部的控制，西蒙古衛拉特部獲得了更大的發展空間。 1388年西蒙古衛拉特領主與阿裏不哥的後裔也速叠兒相勾結，在土剌河殺害了大汗脫古思帖木兒，又擁立也速叠兒為蒙古大汗。在壹百多年前，忽必烈之弟阿裏不哥曾與忽必烈爭奪皇位以失敗告終。百年以後阿裏不哥的子孫也速叠兒起兵殺死了忽必烈的後代報了前輩壹箭之仇，這在蒙古汗統上是壹件大事。因為自元朝以來，無論汗廷內部的政治鬥爭如何激烈，忽必烈家族的汗權從來沒有動搖過。這壹事件的發生，使西蒙古衛拉特部進壹步發展成為與大汗分庭抗禮，與東蒙古並駕齊驅的政治、軍事力量，開始了與東蒙古的爭霸階段。蒙古東西部相爭，明朝開始插手，形勢變得復雜起來。也速叠兒不久死去，從1389年至1415年26年間相繼有六位大汗走馬燈般地上任，這其間充滿著衛拉特領主與蒙古黃金家族的權利爭奪，同時，蒙古軍隊同明朝軍隊也進行了多次的戰爭。
1425年，北元大臣阿魯臺（阿速特部首領）擁立東蒙古科爾沁部首領哈薩爾七世孫阿岱臺吉為全蒙古大汗，稱阿岱汗，阿魯臺自任太師。蒙古大汗之位在黃金家族內部由忽必烈元裔轉到了哈薩爾系子孫，阿岱汗在位期間，與明朝和衛拉特部進行了幾次大的戰爭。
1433年，衛拉特領主脫歡為了進壹步加強自己的政治地位並與東蒙古爭雄，另擁立黃金家族成員，元裔的脫脫不花為汗，自己以太師名義掌握實權，汗廷出現了太師專制的局面。而東蒙古的貴族們在阿岱汗統領下與衛拉特部抗衡，蒙古汗廷同時出現了兩位大汗同時執政的局勢。但是隨後在1438年脫脫不花在脫歡的支持下襲殺阿岱汗於母納山（今烏拉特前旗烏拉山），但實權掌握在衛拉特領主脫歡手裏。於是衛拉特取代了蒙古的實際統治地位，稱雄於蒙古高原，成為明王朝的勁敵。脫歡於1439年死去，他曾謀求自己登上汗位的遺願最終由兒子也先實現了。1449年（明正統十四年）衛拉特部首領也先太師率部南下，對明王朝發動了大規模的戰爭，明王朝50萬大軍全軍覆沒，也先在土木堡俘獲了明王朝的英宗皇帝，這就是歷史上有名的“土木之役”。在這之後也先暫時統壹了東西蒙古。也先得勢之後毫無顧慮地將脫脫不花在內的大批黃金家族成員逐壹除掉，於1453年自稱為汗，稱大元天盛汗，衛拉特部勢力達到了鼎盛時代。
1454年，也先稱汗後，當時在脫脫不花汗時期任樞密院知院壹職的阿剌因謀取太師之位未成與也先反目，遂起兵殺死了也先汗。從此衛拉特部勢力瓦解，也先余部退出東蒙古地區。此後，蒙古各部相繼爭奪蒙古高原上的霸主地位，互相攻殺。在這壹時期，蒙古汗位名義上仍由黃金家族占據。但是，實權落入喀喇沁部領主孛來和翁牛特部領主毛裏孩（成吉思汗同父異母弟別裏古臺之後裔）手中。繼而稱霸蒙古政壇的，是衛拉特部的癿加思蘭。他們的相繼登臺，使全蒙古的統治核心再度多次發生政變和內訌，混亂局面交互出現。不過這個時期最引人註目的現象是成吉思汗黃金家族的權威再度衰落，從元朝滅亡以後開始的百余年的政治風雲已將蒙古黃金家族掃蕩得所剩無幾。
成吉思汗黃金家族的脫脫不花汗死後，留下兩個同父異母兄弟的兒子：摩倫與其弟馬可古兒吉思，他們成為孛來和毛裏孩爭權奪利的工具。1455年，孛來起兵攻殺阿剌，擁馬可古兒吉思為汗，自稱太師。1465年，與馬可古兒吉思不和，將其殺死，自己也死於毛裏孩之手。毛裏孩擁摩倫為汗，自為太師，掌握了蒙古的實權。次年，與摩倫汗反目，將其殺死，不久自己也被滿都魯、孛羅忽（巴延蒙克）等合兵誅殺。馬可古兒吉思和摩倫汗都沒有子嗣。
摩倫汗死後，汗位空缺八年之久。元室後裔只剩下脫脫不花汗的幼弟滿都魯和長弟之子哈爾固楚克。哈爾固楚克在亡命他鄉途中被慘遭暗害。其妻子是也先的女兒齊齊克，她在丈夫死後，於1452年生下遺腹子巴延蒙克。為免遭也先的迫害，她將巴延蒙克送到斡羅出少師那裏。後來巴延蒙克娶斡羅出少師的女兒錫吉爾做了妻子，於1472年生下壹子，取名巴圖蒙克，他就是後來中興蒙古的達延汗。
1475年，滿都魯在巴延蒙克和癿加思蘭擁戴下，即位稱汗，封巴延蒙克為濟農（副汗），並給予孛羅忽的稱號，世稱孛羅忽濟農，癿加思蘭任太師。但是好景不長，滿都魯汗和孛羅忽濟農中了惡人的離間之計，相互猜疑。最終孛羅忽濟農在逃亡途中被殺，癿加思蘭太師的“族弟”亦思馬因乘機掠取錫吉爾夫人做了自己的妻子。隨後亦思馬因聯合其他領主，將癿加思蘭殺死，自己繼任太師。滿都魯汗於1479年去世，無子嗣。
察哈爾是世代侍衛蒙古大汗的壹支特殊的怯薛軍。它不是以血緣關系，而是以職業關系為紐帶，由萬戶、千戶、百戶等大小貴族子弟和蒙古精英人物混合組成的軍事組織。那麽，怯薛軍何時成為察哈爾部落集團的呢？據1958年從茂明安部發現的哈薩爾《聖主成吉思汗祭祀經文》手抄本中記載：對於成吉思汗的祭祀活動“全部賦役由察哈爾各鄂托克承擔”，該祭祀經文形成於北元初期。另據蒙古文史書《黃金史綱》記載，“察哈爾”壹名稱最早出現於也先太師專權時期。達延汗祖父哈爾固楚克臺吉被害後，其妻子（也先之女）生下了遺腹子巴延蒙克，為使兒子免遭也先的仇殺，她把兒子巴延蒙克與家中傭人的孩子以偷梁換柱的形式進行了掉換，裹在搖車中，瞞過了也先派來的偵探，保住了黃金家族的血脈。這名傭人就是出生於“察哈爾呼魯巴特鄂托克”部的鄂臺老媼。由此可見，察哈爾至少作為壹個鄂托克此時已經存在了，察哈爾部的形成比此時應該更早壹些。