頂部過濾也叫上部過濾，是最基本的壹個過濾方式，操作簡單，方便，用魚缸用潛水泵把水抽到放有生化棉、生化球等濾材中，經過層層過濾再留到魚缸中，適合各種魚缸使用，過濾器體積不能太大，否則影響魚缸的美觀度。
第二種：底部過濾
顧名思義就是過濾器材在缸底，壹般來說把底砂、磁環等放到過濾清板上面，含氧水通過底砂縫隙，底砂上有較多有益菌繁衍，凈化效果明顯，壹般來說底部過濾占用空間比較大，操作起來比較復雜。同時有可能導致底砂阻塞過濾通道，致使水體短路和水肥流失。
第三種：內部過濾
主要是將過濾裝置沈入水中，濾材浸泡在水中，較利於有益菌的生長，噪聲較小。物理過濾效果較差，比較適用壹般適合於40～8O厘米中小型魚缸使用
第四種：外部過濾
這種壹般是把過濾器放到水族箱的底櫃中，裏面放置各種過濾器材，用管道與水族箱連接，不會占用魚缸的空間。
第五種：瀑流式過濾器
瀑流式過濾器過濾與底部過濾的原理差不多，主要用魚缸泵把水送到過濾糟中，流進濾材過濾再流入水中，因為凈化後的水像瀑布壹樣流入魚缸中，所以稱為瀑布式過濾。此種方法簡單，容易清洗，但有時候不利於消化細菌的生長，說道瀑布式過濾，最常見的就是超市裏賣魚的地方，上下幾層，層層流下，形成壹個循環。