2、用於胃腸濕熱，瀉痢嘔吐。本品大苦大寒，清熱燥濕之力勝於黃芩，尤長於清中焦濕熱，火毒郁結，用於濕熱中阻，氣機不暢，脘腹痞滿，惡心嘔吐，壹般以黃芩、幹姜、半夏等同用，治濕熱瀉痢，輕者單用即有效。若瀉痢腹痛，裏急後重，與木香同用，如香連丸。若瀉痢身熱者，配伍葛根、黃芩、甘草等也能起到很好的療效。如果下利膿血，又可以配伍當歸、白芍、木香等。
3、用於熱盛火熾，高熱煩躁，本品瀉火解毒，尤善清心經實火，若三焦熱盛，高熱煩躁，壹般以黃芩、黃柏、梔子等清熱藥物相須為用，如黃連解毒湯。若熱邪熾盛，陰液已傷，水虧火炎，心煩不眠，常配黃連、白芍、阿膠等，如黃連阿膠湯。
4、用於癰疽疔毒，皮膚濕瘡，耳目腫痛。本品清熱燥濕，瀉火解毒，用於治療癰腫疔毒，多與黃芩、梔子、連翹等清熱藥物同用。治療皮膚瘡，也可以用黃連制成軟膏，外敷。