（1）資金成本
主要是指小額信貸機構為自有資本金，所吸收的銀行存款，央行的再貸款以及銀行間拆借資金的占有而付出的代價，也就是其對外的融資成本。
（2）管理成本
主要包括小額信貸各級機構的辦公機具的折舊費用，貸前調查，貸時調查，貸後檢查的人工成本。
（3）風險成本
主要是指小額信貸因客戶履約能力，履約意願，自然災害影響，市場變化等因素形成的潛在或事實上的貸款本息不能按期回收的金額，在會計核算上反應為呆賬準備金的計提和呆賬核銷，前者是潛在損失的反映，後者是實際損失的反映。
（4）稅負成本
是指小額信貸機構在經營過程中，按照國家稅法規定應該繳納的營業稅，城市建設維護稅，教育費附加，所得稅等，改部分構成小額信貸機構經營現金的流出，是重要的成本支出項目。