孔子標誌著從巫到史轉變的萌芽。孔子本身就精通巫史知識，可以說也是接續他之前的巫史文化而來的。但到了孔子生活的時代，巫史們早已不是像半神壹樣被人們敬仰了。他們原來統馭人民的權力被行
政官員剝離了，與神溝通的特權又伴隨血親社會關系的強化而削弱。然而他們並不甘心就這樣被社會、歷史湮沒，還想參與社會高層事務，所以這些知識階層的人們轉而另覓出路，將“禮”作為社會、道德、倫理的大境界推了出來，巫史文化進入了壹個講“禮”的時代。
司馬遷就是接續孔子另謀出路的壹個人。司馬遷也是巫史文化延續的重要人物，他的巫史文化背景比孔子實在，司馬遷先祖即為周史官，父司馬談又在漢朝作太史令，司馬遷與巫史文化有家學上的淵源。
漢初太史令並不以著史書為本職，而是掌文史、星歷的，“太史公既掌天官，不治民”（同上）。司馬遷本人也是壹位天文學專家，曾與壺遂等人***同參與過太初歷的修訂，也就是說，司馬遷行的是巫史的本職。
但司馬遷畢竟不同於早期的巫史，不像他們那樣篤信神明，以祈福避禍。他更是把壹些神異性的東西剖開給世人看。“（陳勝、吳廣）乃丹書帛曰‘陳勝王’置人所罾魚腹中。卒魚烹食，得魚腹中書，固以怪之矣。又間令吳廣之次所旁叢祠中，夜篝火，狐鳴呼曰：‘大楚興，陳勝王’”。點明了神異乃人為之。司馬遷對神的態度比孔子的“不語怪、力、亂、神”更進了壹步，明顯不同於原初的巫史。
但司馬遷也有壹些是與巫史們相同的，那就是他寫《史記》的目的之壹也是“究天人之際”，而這項工作是巫史職務的中心內容。可見司馬遷雖然不是原初的巫史，但可以說他是巫史文化的延續。
因為生活在漢初，所以延續的方式有所不同。司馬遷《太史公自序》及《報任安書》中多次將《史記》與孔子的《春秋》並提，之所以這樣說是因為司馬遷認為自己從精神上是與孔子相通的，故而《史記》可以作為《春秋》的接續。
首先，司馬遷與孔子壹樣都是發憤著書。孔子在列國四處碰壁，“乃因史記作《春秋》”（《史記·孔子世家》）。司馬遷也是壹樣，因李陵之禍而遭腐刑，“拳拳之忠，終不能自列”，“意有郁結，不得通其道，故述往事，思來者。”（《報任安書》）
其次，司馬遷與孔子壹樣，都有極強的社會責任感，希望自己的主張、學說能垂名於後世。被李陵事件牽連後，“所以隱忍茍活，幽於糞土之中而不辭者，恨私心有所不盡，鄙陋沒世而文采不表於後世也。”孔子“病沒世而名不稱”的思想在司馬遷的身上再壹次重現。而這種高度的責任感與巫史們對社會負責的情結有壹定的關聯。遠古時，凡國家大事必有祭祀，必有巫史參與，他們所說的雖名為神的意旨，但畢竟有他們的加入，自然會覺得事之抉擇與“我”有關，自然也會形成因為國家與“我”命運交關，所以壹定要對國家負責的壹種心理定式。孔子、司馬遷的責任感正是這種傳統巫史心理定式的表現。雖說在統治階層眼中巫史地位日趨衰落，但巫史們的這種情結卻並未在本階層內消失。
司馬遷與孔子不同之處在於，他們雖然都選擇了以史實作為表達觀點的載體，但所載的內容卻是不同的。孔子的著書、講學是為了培養壹種對社會有責任的士階層的力量，想恢復以前以巫史為代表的知識階層對社會的作用，通過他們完善社會，而司馬遷只是借史發壹己之言。孔子時代以傳統的“禮”使巫史後人們加入統治集團核心的夢想在漢初更加不可能實現。以司馬遷為代表的巫史後人們已安於處於統治集團的外層，巫史階層在原初時期的輝煌與力量已經成為壹個遙遠的夢想，可望而不可及，他們的理想是通過完善自我，以自己淵博的知識、卓越的見解影響統治者來實現自我價值。
屈原出於巫史世家,“願依巫鹹之遺則”,而能集南北巫覡遺風於壹身,《離騷》、《九歌》,可謂古代巫覡最後的大合唱。 屈原上結巫鹹之遺則，下開史遷之絕唱。《天問》述史，薄今厚古；《九歌》記巫，聲色楚楚。屈原以《楚辭》為媒介，促成南北巫史文化的交融、合流。