直接充填法是指用修復材料直接填充到穿孔部位，隔絕髓腔與牙周之間聯通的方法。這壹傳統修補方法操作簡單，容易實施，適合髓室底穿孔較小和髓底較厚的病例，目前在臨床上仍然被廣泛使用。其操作步驟是：清除穿孔部位軟化牙本質和周圍肉芽組織，待控制血液和組織滲出液後，快速將修補材料填入穿孔內。臨床常用的傳統修復穿孔材料銀汞合金、復合樹脂、玻璃離子、氫氧化鈣和氧化鋅等，用來直接修補穿孔都存在著明顯的不足，成功率不高。
究其原因是，髓腔穿孔都是“無底洞”，操作時難以對填入材料進行加壓，無法獲得嚴密封閉效果；如果實施加壓又容易將材料壓出穿孔外，產生的懸突加重刺激牙周組織；再就是術區的血液汙染與潮濕環境也會嚴重影響穿孔修補效果，尤其是降低了粘接性修復材料的固化以及粘接力。長期以來，封閉不嚴密和懸突刺激導致的低療效、高失敗便成為傳統材料修補穿孔的致命問題。
為了改善直接修補法對材料無法實施加壓、封閉性差的問題，有學者提出了改良直接充填法。方法是將穿孔洞修整成10°~20°向冠方敞開的洞形，即把“直筒狀”的穿孔洞型修整成“漏鬥狀”，這樣可以對材料進行適當加壓，有利於增加封閉性。改良法不適用於孔徑太大或髓室底太薄的穿孔病例。20世紀90年代初以來，MTA、iRoot等生物性材料相繼用於臨床，在髓腔穿孔修復方面顯示出優越的性能，不僅生物學性能和封閉性比傳統材料優良，操作也更為方便，而且對操作環境要求相對較低，較好地克服了傳統材料在潮濕環境下固化不良由此影響其理化特性等問題，還由於其生物相容性極佳，即使超出穿孔外也不必擔心懸突對牙周組織的刺激性。
2、屏障技術修復法
屏障技術修復髓腔穿孔20世紀90年代應用於臨床，其又被稱為人工底技術。屏障技術的基本概念是，選用生物相容性好且能承受壹定壓力的材料作為屏障材料，將這些材料填入穿孔外的骨吸收區，在平齊根分叉水平或牙根表面形成壹道屏障，起類似於鄰面窩洞充填時成型片的作用，然後再將修復材料填入穿孔內。屏障技術修復法的適應證為：合並穿孔區骨吸收的陳舊性穿孔、根管頸部側穿等病例。
屏障的建立為穿孔修補材料提供了良好的操作環境，很好地解決了直接修補法中存在的幾個難題：1）屏障材料可以支持修補材料的適當加壓操作，有利於修補材料填壓密實；2）可以有效防止懸突的形成；3）屏障材料可壓迫軟組織止血及隔絕滲出液，有利於粘接性材料的固化；4）降低了穿孔修復技術的敏感性；5）擴大了修復材料的選擇範圍，無論是傳統材料（銀汞合金、復合樹脂等）還是MTA等新型材料都很容易完成操作。
Zou等使用硫酸鈣作為屏障材料，用銀汞合金和可樂麗菲露作為修補材料，在65顆離體磨牙上進行髓底穿孔的修復實驗，結果證明使用硫酸鈣做屏障後，銀汞合金和可樂麗菲露的懸突形成率和微滲漏都有顯著減少。
3、牙膠尖充填法
對於根管預備引起的側穿孔，牙膠尖修補是壹種可行的選擇。可把側穿孔當成另壹個根管進行充填：選擇壹根與穿孔直徑相近的牙膠尖，調整長度直到插入穿孔有強烈的緊塞感，經過試充照牙片確認後，醮上根充糊劑充填到測定的長度。壹般應先充填側穿孔再充填根管。充填側穿孔時不能進行側方加壓或熱牙膠垂直加壓，因為側穿孔道壹般不具備根管那樣良好的錐度和充填擋。
4、手術修補法
手術修補壹般用於髓底穿孔面積大及根管中上段側壁穿孔，尤其是病理性或陳舊性穿孔的患牙。手術翻瓣充分暴露病損區，徹底搔刮清除炎癥組織，充分止血隔濕後直視下完成修補。這壹方法由於修復效果確切，清創徹底，臨床預後都比較好。但適應範圍有壹定的局限性，如難以暴露或無法觀察的部位不宜手術修補。
5、嵌體修復法
嵌體修復髓腔穿孔是筆者經過壹系列研究後提出的壹項新技術。臨床制作嵌體的流程是：在顯微鏡下將底穿洞壁修整光潔，並呈5°~10°外展，建立屏障（無骨腔破壞或新鮮穿孔也可不需要屏障），矽橡膠取模，椅旁或送加工廠制作嵌體，制作完成後試戴、拋光、完成粘接。
嵌體修復穿孔的最大優勢是，可以準確控制修復體的精度，完整恢復根分叉外形，極好地解決了封閉效果。即便采用的是復合樹脂嵌體，由於在體外固化並進行熱處理，已完成了收縮，粘接後的封閉效果會比樹脂直接充填更好。嵌體修復法特別適合於根分叉較大的磨牙底穿病例，操作前要求充分暴露髓腔便於制取模型和戴入嵌體。
在臨床上應視具體情況選擇修復方法，可根據穿孔的部位、大小、穿孔時間（陳舊還是新鮮）以及患者的經濟等因素進行考量。髓腔穿孔修復只要進行規範的操作，壹般都會取得較好的療效。Siew等報道根管側穿修復的成功率為72%~89%，Pontius等報道成功率可高達90%。