揚州清曲歷史久遠，元代小唱、散曲是其淵藪，明代的許多小曲風韻至今仍有保留。演唱者分“闊口”和“窄口”，均以字行腔，註重腔韻和發聲。每個演唱曲目有壹至數人參加，至今保持傳統坐唱形式，除演唱者本人均操壹件樂器外，還有人員不等的小型樂隊伴奏，樂器為絲竹管弦和打擊樂。
揚州清曲始於元，成於明，盛於清，又稱廣陵清曲、揚州小曲、揚州小唱等，至今有600多年歷史。明人沈德符《顧曲雜言》中談到漢族俗曲流行情況時說：“嘉、隆間，興鬧五更、寄生草、羅江怨、桐城歌、哭皇天之屬，自兩淮以至江南。”文中提到以揚州為中心的壹片區域。如他所列出懂得曲牌，除個別曲牌已流失外，絕大部分至今仍然為揚州清曲經常演唱的傳統曲調。而與此同時，余姚腔等戲曲聲控也流行於揚州，徐渭《南詞敘錄》說：“稱余姚腔者，出於會稽、常、潤、池、太、揚、徐用之。”出於俗曲、戲曲流行的漩渦，明代的揚州清曲迅速成熟。
過去從事揚州清曲藝術活動的人，除了青樓歌妓和流動賣唱的民間藝人以外，大多是男性自娛，沒有正規的組織，但是他們的文化藝術水平較高，對揚州清曲的發展與提高作出了很大的貢獻。民國年間，揚州的清曲愛好者有自願結合的群體“南局”和“北局”，除自娛外，“南局”常在城裏受聘唱堂會，“北局”常去鄉間村鎮演唱。
五十年代到六十年代，許多清曲高手被揚劇團、曲藝團吸收。揚州市曲藝團建立了專業的清曲隊，培養了壹批年輕男女演員，並編演過《工農競賽》、《光榮人家》、《劉胡蘭》等新曲目。
1949年中華人民***和國成立後不久，政府在新建的壹批戲曲學校、曲藝團體同曾廣泛開展過揚州清曲的教學和演出。但文革（1966—1976）期間，此類措施遭到扼制，直到1985年，上海、江蘇地區的文藝部門重新召集了幸存者開展有組織的自娛演藝活動。
由於缺乏長期完整的揚州清曲表演計劃。自1999年以來，作為揚州清曲的故鄉——揚州市廣陵區文化主管部門建立了專門的研究室，開始從事較系統的研究及規劃工作。揚州市揚州清曲研究室、揚州曲藝之友社開始計劃全面搜集揚州清曲的曲目、演出照片、錄音、錄像。政府計劃支持揚州清曲研究室和揚州曲藝之友社加強揚州清曲藝術的復興工作，適時舉辦相關的藝術活動。
在2001年3月召開的“揚州清曲研究室2001年工作年會”上，來自揚滬等地的曲藝工作者及專家，集中探討了揚州清曲的藝術價值及生存狀態等問題，並與已被首批列入人類口頭與精神文化遺產的昆曲作了比較，發現兩者價值相近，但瀕危情況揚州清曲更甚：接著又詳細對照世界文化遺產評審規定，經過審慎研究，廣陵區文化局與揚州清曲研究室決定，將具有500多年歷史的揚州清曲申報世界文化遺產。
國家非常重視非物質文化遺產的保護，2006年5月20日，該曲藝經國務院批準列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。