中醫理論是中醫藥學術領域中的核心內容，是指導中醫臨床的原理和法則。中醫理論研究已經成為中醫學發展的突破口，成為中醫現代化研究的瓶頸。當前，對中醫理論研究現狀的評價，基本上是這樣的模式：中醫理論的研究取得了壹定的成績，但總體上來說，對中醫的理論研究，尚未取得突破性的成果與進展，值得我們很好的深思。
其實，每壹個熱衷於中醫學研究工作者們都在認真思考：中醫理論應如何研究？不能取得突破性的成果與進展的原因是什麽？怎樣才能取得突破性的成果與進展？因此，筆者擬從“突破性成果”入手，逐步闡述中醫理論研究的方向。 從上述對中醫基礎理論研究的評價中不難看出，“取得突破性的成果”，是當前人們對中醫理論研究寄予的最為迫切，並且不甚明了的美好願望。之所以說“不甚明了”，是因為“突破性成果”就象小孩子常要的“好吃的東西”，個體差異非常大，針對其對癥下藥之難不說，其結果也如同中醫的療效難以得到公認。目標決定戰略，因此在確立中醫理論的研究方向之前，首先應該明確中醫理論研究的目標，由此確立公認的“突破性成果”。
關於中醫理論研究的目標仁者見仁，智者見智，眾說紛紜，而有壹項研究結果不能不提。1999年國家科技部和國家中醫藥管理局聯合開展了《中醫現代化科技發展戰略研究》軟課題研究，全國百十余位專家、學者參加了十余次研討會，分析了如今醫學領域面臨的問題和挑戰，提出了21世紀中葉，中醫現代化的課題發展戰略指導思想和目標。其中，2001年－2015年，中醫基礎理論的研究有兩個階段目標：⑴2001—2005年的階段目標是“中醫基礎理論的繼承與創新。對證候、藏象、經絡、治則、方劑及中藥基礎理論進行系統整理，深入挖掘和研究，抓住其理論精髓，揭示其深刻內涵，加強其在防病治病中的指導作用。在專業術語統壹、概念內涵清楚、理論層次明確的基礎上，運用現代科學理論、方法，探索其科學基礎，創立新的學說，使中醫學基礎理論得到發展和創新，豐富現代生命科學的內容和研究領域。”⑵2006－2015年階段目標是“初步完善現代中醫理論體系。中醫學必須突破原有構架，通過繼承、移植與創新，充分闡明理論的科學內涵，使其在理論和實踐上獲得更新與提高，從經典中初步完善為現代中醫學理論體系。並使中醫學隨著社會醫療保健的需求和疾病譜、醫學模式及生態環境的變化，從大量新事實、新經驗的積累中進行理論的總結與升華，產生新理論，實現對傳統的超越”。此項研究的初稿經過數十位兩院院士、名老中醫及重點中醫院校、院所的專家、學者審閱、修改、數易其稿。在2001年5月通過了專家組的驗收，給予了較高的評價。可見其研究結果的科學性、權威性是不容質疑的。
簡而言之，創立新的學說，使中醫學基礎理論得到創新，突破原有構架，使其完善為現代中醫基礎理論體系是中醫基礎理論研究的近階段目標。換句話說，現代中醫學理論體系的建立可以說是中醫理論具突破性研究成果的最終體現形式。 現代中醫學理論體系的特征是決定當前中醫理論研究是否為“突破”的衡量標準。當現代中醫學理論體系將會是什麽樣還在爭論不休，人人衡量標準不統壹的時候，盲目追求“突破”是急功近利的表現，浪費財力而毫無意義。只有我們確定了明確的方向，並向此方向進行紮紮實實的工作，才會取得真正的“突破”。
傳統中醫學理論體系（與現代中醫學理論體系相對而言）比較全面的得以闡述，其現存最早的中醫學文獻典籍是《黃帝內經》。《內經》反映出了中醫學的理論原則和學術思想，為中醫學的發展奠定了基礎。《內經》理論體系包括陰陽學說、五行學說、藏象、經絡學說、病因病機學說、病證、診法、治則治法、養生、運氣學說。中醫學發展史上所出現的許多著名醫家和醫學流派，從其學術思想和繼承性來看，基本上都是從《內經》理論體系的基礎上發展起來的，因此把《內經》尊之為“醫家之宗”。那麽什麽是“現代中醫學理論體系”？從字面上來看，對“現代”的認識是理解“現代中醫學理論體系”的壹把鑰匙。《漢語辭典》中“現代”指的是“如今這個時代（中國多指 1919 年~至今）”，既然中醫理論體系研究迄今無突破性成果，當前的中醫理論體系是稱不上“現代中醫學理論體系”的，因此這肯定不是現代中醫學理論體系中“現代”的涵義。以“現代醫學”泛指西醫學相比較，現代中醫學理論體系較為接近的涵義應當是現代化的中醫學理論體系，因為“現代化”的涵義為“使具有現代先進科技水平”，也就是要建立壹個具有現代先進科技水平的中醫學理論體系。這樣的理論體系將具有什麽樣的特點，與現今的中醫理論體系將有何區別與聯系，其理論將用什麽術語闡述，其科技水平的先進性將用何衡量標準……等等，有關“現代中醫學理論體系”，其刻畫、描述得越詳細，宏偉藍圖展現在眼前，中醫理論的發展就會有明確的奮鬥目標，中醫理論的研究工作也不會失去重心，同時也會更有動力。 “現代中醫學理論體系”要在“突破原有構架”中建立起來，那麽什麽是中醫學“原有構架”，這也是要研究的課題之壹。舊的框框、死的框框在哪裏都不清楚，就不會有的放矢，更談不上突破，也就是在“認識自我”之後，方可達到“突破自我”。而建國以來，中醫基礎理論研究領域存在的突出問題，主要表現在：對古典中醫學文獻中的學說和觀點的整理研究，基本處於分散、自發狀態，未能統壹規劃；缺乏對中醫基礎理論學術內涵和內在科學規律的深入探索和系統研究，未能按科學範式進行學科建設，對中醫基礎理論進行規範化整理，以致在相當程度上存在著內涵模糊、概念不清、其說不壹等缺欠，因此中醫基礎理論研究的首要任務是深化中醫基礎理論學術內涵，由此促進中醫基礎理論總體學術水平的提高。
另外，還需要研究的是，中醫學的原有構架中保留什麽？保留到什麽程度，建立起來的現代中醫學理論體系，還稱得上是中醫學理論？也就是繼承什麽的問題。關於這壹點，當前的認識是只要堅持了中醫特色，不管采用什麽理論、方法和技術來進行中醫研究、發展中醫，都是推動中醫學術的發展。換句話說，中醫學的繼承其最基本的要求是要保留“中醫特色”。“中醫特色”是什麽？“中醫理論體系的特色”是什麽？在中醫理論研究中，這些問題歸根到底還是對中醫理論體系的認識與評價問題。只有在全面、深刻認識中醫理論體系的基礎之上，進行客觀的、非學術價值觀導向性的評價，才能準確概括出中醫理論體系的特征。
而更棘手的問題是，對於與現代科學格格不入的某些中醫理論體系的特色，我們將進行怎樣的處理？比如，有學者指出：中醫原有的理論體系已經在許多方面暴露出缺陷和不足，甚至嚴重滯後了中醫的發展。其表現之壹是哲學指導思想和認識方法上存在的缺陷。來源於古代哲學的陰陽和五行學說構成了中醫基礎理論的框架的指導意義隨著其自身缺陷的暴露而受到置疑。而另有學者指出：“中醫特色在基礎理論方面，是以陰陽五行體系為指導的臟腑經絡學說、精氣神學說和天人相應學說為依據”。總之，“當前中基理論面臨的危機，與中基理論自身的某些特點是密切關聯的，當然也與人類科學的發展，尤其是現代醫學對中醫的影響和滲透有關。但後者起到的僅是壹種對危機的觸發作用”。因此建立壹個具有中醫特色的與現代科學相統壹的新的理論體系，在研究中醫基礎理論的本質基礎之上，研究如何正確處理中醫特色與現代科學之間的關系是至關重要的課題。 第三中醫哲學觀:相似觀（分形觀).
第二中醫哲學觀--辯證觀
第壹哲學觀---整體觀 陰陽分形集，五行分形集，經絡分形維數