新教所代表的抗議原則和精神可以追溯到14世紀後期的壹些宗教改革先行者。英國威克裏夫派和羅拉德派、波希米亞的胡斯運動和意大利G.薩伏那洛拉的信徒，把改革思想的種子撒播在歐洲廣大地區。16世紀20年代，馬丁·路德在德國發起的宗教改革運動，迅即在整個德國形成燎原之勢。在瑞士，U.茨溫利和J.加爾文等的改革活動，進壹步擴大和加深了新教的影響。英王亨利八世出於政治上的原因，由上而下推行宗教改革；在克蘭麥的協助下，組成具有獨特形式的新教教會，以擺脫教皇的管轄。到16世紀中葉，新教的三個主要宗派，即馬丁·路德創立的路德宗，加爾文創立的歸正宗和作為英格蘭國教的安立甘宗，都已在歐洲出現，並同羅馬天主教相抗衡。三大宗派在其形成的過程中，得到所在民族獨立國家的世俗政權或諸侯的支持與保護。在長期復雜的“宗教戰爭”之後，根據隨之訂立的壹些和約，如1555年的《奧格斯堡和約》和1648年的威斯特伐利亞和約確認的“教隨國定”原則，基本上形成了新教在西歐各國分布的格局，路德宗分布於德國大部和北歐諸國,包括丹麥、挪威、瑞典、芬蘭等;歸正宗為瑞士、德國壹部、荷蘭和蘇格蘭；安立甘宗主要在英格蘭。三大宗派的信徒人數當時占新教徒的絕大多數，因此也被稱為新教的主流教派。
16世紀末到17世紀，新教的三個主要宗派在教會組織和崇拜儀式上已基本定型。對教義的表述和闡述，經過長期的爭論，也逐漸形成體系。新教的理論家以歐洲壹些大學為基地，熱衷於編寫大量的神學著作，但內容充滿煩瑣的爭辯和考證，失去改教初期那種富有抗議精神的活力。這壹時期後被稱為新教經院主義時期。17世紀中葉，英格蘭的清教徒運動要求以加爾文主義改革妥協保守的安立甘國教會，曾成為資產階級革命的壹面旗幟,把新教運動又推進壹步,結果產生了脫離國教的壹些新的獨立宗派，如英格蘭的長老會、公理會、浸會、公誼會等。清教徒運動後來由移民傳到美洲，使新教在北美發展成為影響最廣的教派。在德國，以斯彭內爾為代表的虔敬主義運動和清教徒運動相呼應，提倡人個的虔修生活和布道工作，舉辦慈善事業，由弗蘭克等創辦的哈雷大學成為德國虔敬主義的中心，對後來新教的發展有重要影響。 18世紀，資產階級在歐洲取得全面勝利。在思想和文化上的表現，是崇尚理性、自由，對壹切舊體系采取批判的態度，故稱啟蒙時期。這時期新教出現了壹批哲學家,如德國的萊布尼茲、萊辛和康德,英國的洛克、貝克萊和休謨等。他們運用唯理主義哲學對基督教信仰和神學作了新的論證和解釋。他們提倡自由思想和寬容原則，企圖在信仰和理性之間作出某些調和，如英國的自然神論和廣涵主義,德國的唯理主義神學,以及荷蘭的阿明尼烏主義。這些都對19世紀新教神學的發展具有重大的影響。這壹時期，還出現了壹些新的宗派，如英國衛斯理兄弟創立的衛斯理宗。在此之前，溯源於15世紀胡斯運動的摩拉維亞弟兄會，在親岑道夫的倡導下，又有新的發展。這些教派重視信徒的靈修生活，在組織和儀禮上較自由靈活，後傳到北美，有較大的發展。
19世紀歐洲的新教，在啟蒙時期唯理主義的沖擊下，出現了壹些新的動向，施萊爾馬赫受康德批判哲學和謝林浪漫主義的影響,把宗教看作壹種感情的產物,強調個人宗教經驗的重要性。他被稱為新教現代神學之父。稍後,在黑格爾歷史哲學的哺育下,出現了壹批神學家，如包爾和施特勞斯以杜賓根大學為中心，對傳統信仰和早期基督教發展史作出新的解釋。杜賓根學派對後來的聖經考證學的發展，曾起了很大的推動作用。裏敕爾提出“回到康德”的口號，把道德價值作為捍衛基督教的法寶。在他的影響下，出現了哈那克和特勞赤等自由主義神學的巨匠。自由主義神學強調人的價值和自由，在保存道德價值的前提下,主張調和宗教和科學,信仰和理性，提倡社會改革,用改良代替革命。還有壹部分人,在社會革命的浪潮中，企圖把基督教的信仰和倫理思想同社會改革結合起來，如英國的摩裏斯、金斯利提出了“基督教社會主義”，美國的饒申布什等提出了“社會福音”的主張。
20世紀西方世界的各種危機，特別是兩次世界大戰，使自由主義神學面臨絕境。代之而起的是以巴特和布魯內爾等為代表的新正統神學。它強調人的墮落和罪性，宣告歷史決非人力所能扭轉,人類只有通過否定自己,完全順從上帝的旨意,用“上帝的話”作為審判的依據,才能得救。它聲稱這是回到路德和加爾文的正統教義，上溯到奧古斯丁和保羅的福音真諦。第二次世界大戰後自由主義神學的統治地位為新正統神學所取代。另壹方面，20世紀初，美國新教還出現了壹股反理性主義思潮，稱為基要主義，與調和信仰與理性的現代主義相抗衡。基要主義主張必須接受耶穌為童貞女所生、肉身復活、十字架代贖、基督復臨和《聖經》每字每句絕對無訛等傳統教義為信仰的基本要道。基要主義派的興起使美國新教陷入長期激烈的爭論，並導致壹些宗派的分裂。此外，還有壹些屬於基要主義的派別和鼓動宗教狂熱的靈恩派或奮興派結合，曾在歐美出現“宗教復興”，推動了傳教運動的發展。第二次世界大戰後，新教的傳統教義和社會倫理思想，受到世俗主義、懷疑主義以及各種社會思潮和社會問題的沖擊，主流派日形衰落，信徒人數逐漸減少，同時又出現許多形形色色新的小派別。20世紀初,新教的壹部分教會曾發起普世教會運動,企圖在基督教世界中協調關系，加強合作。東正教也表示支持。這個以世界基督教教會聯合會為主要代表的運動，半個世紀來未能形成壹個強大的核心。天主教和擁有大量信徒的壹些新教非主流派教會，至今還沒有參加。目前新教正在向多元化和世俗化發展，已顯示出重新分化組合的傾向。