依據肥料施用部位的差異，主要可分為土壤施肥和根外追肥兩種方式。土壤施肥的深度和廣度，應依照根系分布及習性特點，將肥料準確施入，施入的部位應位於根系內部或邊緣，因為根系有效吸收部位大多集中於外圍。不同肥料施入土壤的深度不同，氮肥移動性強，可淺施；磷鉀肥移動性差，宜深施到根系分布區內，或與其他有機肥混合施用。氮肥多用作追肥，磷鉀肥多結合有機肥的施用，壹同作為基肥施入。
主要的施肥方式有：
（1）全圃撒肥
由於花木根系多為淺根系，近地表處須根量大，加之表土層透氣性好，如果有濕度的保證，根系吸收活力較強，針對這壹特性，將肥料均勻撒施，再淺鋤入土，可刺激表層根的活性，增加對養分的吸收能力。
（2）環狀施肥和帶狀施肥
由根系生物學知，根系的有效吸收部位大多位於根系外圍，由於地上地下的相關性，根系分布範圍大致可以從地上枝梢冠徑投影距離推知，在施肥時，沿投影外圍開帶狀溝或環溝，將肥料施入並掩埋即可。
（3）穴施
主要應用於花卉追肥，勞動強度小，肥料集中，肥料施在根系集中分布區內，靠擴散作用供應植株需要。
（4）施肥與灌溉結合
可與灌溉或滴灌相結合。由於水肥相濟，肥分分布均勻，及時到位，節省人工又不破壞土壤結構，是壹種高效的施肥方式。
（5）根外追肥
又稱葉面追肥，養分可通過葉片表面的角質膜和氣孔滲入組織並運輸到其他器官，肥料的使用率較高，肥效快，簡單實用，而且節省肥料，尤其對土壤條件不好的花木施用更佳。但應註意根外追肥的濃度及次數不可過大過頻，以免燒苗或引起葉片變脆。