日本料理主要分為三類：本膳料理、懷石料理和會席料理。
本膳料理
以傳統的文化、習慣為基礎的料理體系。源自室町時代（約十四世紀），是日本理法制度下的產物。現在正式的“本膳料理”已不多見，大約只出現在少數的正式場合，如婚喪喜慶、成年儀式及祭典宴會上，屬紅白喜事所用的議式料理。本膳料理壹般分三菜壹湯、五菜二湯、七菜三湯，烹調時註重色、香、味的調和。亦會做成壹定圖形，以示吉利。用膳時也講究規矩，例如：用左手拿著左邊的碗，用右手把蓋放左邊。反之則用右手揭蓋。先用雙手捧起飯碗，放下右手，右手拿筷。每吃兩口飯，就要放壹下碗，然後雙手捧起湯碗，喝兩口再放下碗。之後壹樣方式，吃兩口飯再夾壹次菜。
懷石料理
在茶道會之前給客人準備的精美菜肴。在中世日本（指日本的鐮倉、室町時代），茶道形成了，由此產生了懷石料理，這是以十分嚴格的規則為基礎而形成的。日本菜系中，最早最正統的烹調系統就是“懷石料理”，距今已有四百五十多年的歷史。據日本古老的傳說，“懷石”壹詞是由禪僧的“溫石”而來。那時候，修行中的禪僧必須遵行的戒律是只食用早餐和午餐，下午不必吃飯。可是年輕的僧侶耐不住饑餓和寒冷，將加熱的石頭包於碎布中稱為“溫石”，揣到懷裏，頂在胃部以耐饑寒。後來逐步發展為少吃壹點東西，起到“溫石”禦饑寒的作用，因此有了“懷石”的名稱。演變到後來，懷石料理將最初簡單清淡、追求食物原味精髓的精神傳了下來，發展出壹套精致講究的用餐規矩，從器皿到擺盤都充滿禪意及氣氛。
會席料理
會席料理是日本代表性的宴請用料理，是宴席上所有料理的總稱。會席料理是在江戶時代中期的料理茶館中產生的。會席料理吸收了江戶時代中期禮法繁多的本膳料理和茶懷石料理的形式，又結合實際需要，向酒宴便餐式的方向發展，並獲得了社會上廣泛的認同。隨著時代的變化，會席料理也在不斷地調整自身的形式和內容。壹開始會席料理的基本規格是三菜壹湯。但越到後來規格也就越發上揚，從三菜兩湯、五菜兩湯，直到九菜三湯，種類也越來越豐富，而且色、香、味、器、形也十分講究起來，所料理的菜肴是按菜單順序壹道壹道上桌供客人享用。會席料理通常在專門做日本菜的飯館裏可以品嘗到。
其他分類還有：
桌袱料理
桌袱是中國式飯桌，即八仙桌。桌袱料理是中國式的料理，有蘑菇、魚糕、蔬菜的湯面、鹵面等。其特色是客人坐著靠背椅，圍著壹張桌子，所有的飯菜都放在壹張桌子上。這種料理起源於中國古代的佛門素食，由隱元禪師作為“普茶料理”（即以茶代酒的料理）加以發揚。由於盛行於長崎，故又稱長崎料理。料理師在佛門素食內采用了當地產的水產肉類，便創立了桌袱料理。桌袱料理菜式中主要有：魚翅清湯、茶、大盤、中盤、小菜、燉品、年糕小豆湯和水果。小菜又分為五菜、七菜、九菜，以七菜居多。壹開始就先把小菜全部放在桌子上，邊吃邊將魚翅清湯及其他菜肴擺上桌。
1、口味特點
自古以來,日本料理就被稱為“五味五色五法之菜”。 “五味”是指甜、酸、辣、苦、鹹；“五色”是指白、黃、紅、青、黑；“五法”則是指生、煮、烤、炸、蒸的烹調法。日本菜獨特風味的形成，同其特有的地理環境及東方傳統文化是分不開的。其基本特點是：季節性強；味道鮮美，保持原味清淡不膩，很多菜都是生吃；選料以海味和蔬菜為主；加工精細，色彩鮮艷。日本菜的首要特點是季節性強，不同季節要有不同的菜點。可以這樣來比喻，四季好比經度，節日好比緯度，互相交織在壹起，形成每個時期的菜，每個季節的菜。在制作手法上，日本料理有著其獨有的特點。
2、原料
菜的原料要保證新鮮度，什麽季節要有什麽季節的蔬菜和魚。其中蔬菜以各種芋頭、小茄子、蘿蔔、豆角等為主。魚類的季節性也很強。人們可以在不同的季節吃到不同種類的鮮魚，例如：春季吃鯛魚，初夏吃松魚，盛夏吃鰻魚，初秋吃鯖花魚，秋吃刀魚，深秋吃鮭魚，冬天吃鰣魚和海豚。肉類以牛肉為主，其次是雞肉和豬肉，但豬肉是較少用的。另外，使用蘑菇的品種比較多。
3、烹制
日本菜在烹制上主要保持菜的新鮮度和菜的本身味道，其中很多菜以生吃為主。在做法上也多以煮、烤、蒸為主，帶油的菜是極少。在加味的方法上大都以先放糖、味淋酒，後放醬油、鹽，因糖和酒不但起調節口味的作用，而且還能維護蔬菜裏的各種營養成分。味精也盡量少放。
4、配料
在做菜上大都以木魚花湯為主，極少使用水。因此，日菜的烹調木魚花湯是很重要的，就如同中餐的雞湯，西餐的牛肉湯壹樣重要。所以高級菜都是用木魚花湯和清酒為主，而且清酒的使用量也是很大的。日菜使用的醬油有三種，即淡口、濃口、重口。淡口即色淺壹點，濃口即壹般醬油，重口顏色深而口味上甜壹點。在菜的口味上，小酒菜以甜、鹹、酸為主，湯菜以清淡為主，菜量少而精。配菜的裝飾物隨季節而變化，有花椒葉、蘇子葉、竹子葉、柿子葉、菊花葉等等。日本用四季不同的花和葉來點綴菜點，這就更能表現出懷石料理的內容了。日菜使用的大醬也是多種多樣的，壹般早餐用信州大醬或白大醬作醬湯，午晚用赤大醬作醬湯。日菜的調料、配料很多，但大體上以以上這幾種為主。