Bond（如圖） ，在文檔窗口中單擊拖動畫出與X 正軸成30°的第壹根鍵，鼠標指向鍵的壹個端點（加亮顯示），單擊以該端點為新的連接點產生第二根鍵。以此類推，可以畫出目標分子。
取代烷烴：若想以其它原子取代碳原子，有三種方法。其壹選擇Solid Bond，
鼠標指向某個原子（加亮顯示），雙擊出現文本輸入框，輸入新的原子即可；其二選擇Tools Palette－Text（如圖） ，單擊想取代的原子，出現文本輸入框，輸入新內容即可。其三使用“熱鍵”，鼠標指向某個原子（加亮顯示），按“熱鍵”，如o ，則碳原子被氧原子取代（系統會自動調節氫原子的個數）。
長鏈烷烴：選擇Tools Palette －Acyclic Chain（如圖） ，在工作區單擊並拖動出現碳鏈，同時鼠標的右上方會出現數字標明碳原子的個數。
不飽和鍵：在Solid Bond激活的情況下，指向欲改變鍵級的鍵，從鍵的壹端拖動到另壹端即可增加壹個鍵。單擊可以改變不飽和鍵的排列（ 向外、向內、居中）。
選擇原子或鍵：單擊Tools Palette－Lasso 或Marquee（如圖） ，圍繞物體從壹端拖動鼠標到另壹端。
刪除原子或鍵：選擇原子或鍵，單擊Tools Palette－Eraser（如圖） 或Toolbar－Cut或Delete、Backspace，即可執行刪除的目的。可以使用Undo Delete 和Redo Delete命令進行撤銷和恢復刪除。
調整結構：選定原子、鍵或整個結構，選擇Menu bar － Structure － Atom
Properties（圖1）和Bond Properties（圖2 ），修改原子和鍵的性質，最後產生的結構可以使用Clean Up Structure進行優化。
文件保存：File － Save，自動存成.cdx文件，下次直接打開文件，就可調用程序進行修改等；但是要插入Word 文檔中，必須選擇File － Export 存成.wmf 文件，從Word－插入－圖片－來自文件即可插入圖片，但是.wmf 文件不能修改。