壹、傳統的分銷網絡
三九集團做了17年的制藥，它的分銷網絡顯得傳統而成熟。三九貿易公司是三九集團下屬的壹個醫藥批發公司，它負責經銷三九集團下面7家制藥企業的藥品，壹年的儲運量大概有100萬箱，銷售額達17個億。三九貿易公司在全國有24個網點，在各省市有30多個總經銷商，這30多個總經銷商下面還有各自下壹級的分銷商。這樣的三級分銷網絡比較傳統，但這個網絡在目前國內醫藥行業裏已經顯得很了。三九貿易公司是出生在傳統醫藥體制下的醫藥批發公司，在它的銷售網絡鋪建成熟後，它的主要工作就在於對整個醫藥物流的管理。
三九貿易公司的倉庫只有壹個，設在深圳總部，但面積有1萬平方米。據不完全統計，深圳市現有94家藥品批發企業，倉庫總面積為10萬多平方米。兩相比較，三九貿易公司的倉儲能力不言自明。在倉庫管理上，三九貿易公司在1999年就通過了行業合格認證。因為藥品的倉儲對溫度要求比較高，比如需要冷藏的藥品溫度要控制在2－10℃，需要陰涼存儲的藥品要求在20℃以下，常溫則壹般要求在30℃以下。而對於深圳這個炎熱的南方城市而言，就是常溫存儲有時也是比較困難的。三九貿易公司的倉庫在硬件上基本解決了這個問題，畢竟這個藥品“旅館”每年要有100萬箱藥品在此“留宿”。
對這100萬箱藥品的管理是讓人非常頭疼的事情。什麽時候進貨、什麽時候出貨、哪個先出，系統都要掌握得壹清二楚。2001年，三九貿易公司采用了德國SAP公司的ERP系統，提高了整個醫藥物流管理的及時性和集成性。在ERP系統開始運行後，三九貿易公司在全國各地的網點就可以直接在系統上把訂單報表傳到總部，增強了對藥品配送的及時性。以前采購部和財務部是兩套系統並行，信息入口多，不好管理，而且容易出錯。比如采購部在藥品入庫前要在系統中登記壹遍，財務在入帳時還要重新再登記壹遍，這就造成了很多麻煩和失誤，時間長了，帳跟帳之間有時就對不上。在采用了ERP系統後，采購部只要貨物壹入庫，財務那邊就會自動登記立項，這全部由系統自動完成。
二、野心如何實現
三九集團在做了15年的制藥企業後還是耐不住寂寞，在2000年醫藥零售連鎖狼煙四起之時，攜其上遊制藥優勢匆忙殺入醫藥零售業。
但三九連鎖不是三九藥品的專賣店，它甚至懷著壹飛沖天的野心覓食於醫藥零售業。截至2004年，三九連鎖已經在全國14個省、28個市設有門店；雖然其80％的藥品還是通過醫院銷售，而零售藥店只占藥品銷售的20％。但三九連鎖的戰略定位是占據藥品零售業10％的市場份額，正如它當初提出的“百城萬店”的口號，是針對當時國內10萬家左右藥店的目標而言的。
三九連鎖成立時間並不長，對行業管理經驗比較缺乏，整個業務流程也不夠清晰，但它卻要在短時間內張羅數千家門店，如何管理就成了壹個難題。2001年3月，三九連鎖正式引入深圳遠望軟件公司為其開發的配送管理系統，這套系統在去年被評為物流與采購信息化優秀案例。
連鎖店內的藥品種類繁多，三九的這套配送系統將藥品的基本信息、藥品的供應商、藥品的購進、調撥、銷售等物流信息以及有關的統計分析報表融為壹體，使管理人員能夠隨時掌握藥品的相關信息。此外，這個系統在網絡上還能夠保證分店和總部之間順暢的數據交換，然後在此基礎上實現分店對總部的自動訂貨，以及總部對分店的自動調撥和分店之間的藥品調配，減少了庫存的積壓。
國內目前還沒有幾家醫藥企業敢放出如此“豪言壯語”：要在幾年內建壹萬家連鎖門店。因為這麽大規模的門店數，所要求的配送能力還是個未知數。三九連鎖在發展門店時有意識地順著交通主幹線來做，因為主幹線可能每天都有幾趟班車，運輸能力特別強，而且運輸成本也非常低。
三九連鎖的配送體制是三級架構，配送中心分為壹級配送中心和二級配送中心兩種，壹級配送中心發貨到二級配送中心，再由二級配送中心把貨送到各個門店。它的采購則是統壹采購和授權采購相結合，壹些全國性品牌的藥品和三九自己的產品由總部統壹采購，而地方品牌的藥品則由地方上的二級配送中心自行采購。
統壹采購的藥品將首先發到壹級配送中心去，比如三九連鎖在武漢的配送中心。如果門店所在省沒有二級配送中心，武漢倉庫就會按照門店的訂單做好分揀，然後通過交通主幹線運輸到門店，中間運輸可能會有壹些中轉節點，進不了城的大車就要換成能進城的小車。如果當地有二級配送中心，就不需要總部提供分揀作業，只要整編配送就行了，二級配送中心自己分揀後再送到門店。三九連鎖門店在向總部下訂單後，基本能保證在24小時內到貨。
三、配送中心的尷尬
2003年開春之初，三九醫藥連鎖上海物流配送中心開始投入使用。這是繼武漢配送中心後，三九連鎖的第二個全國壹級配送中心，在三九連鎖的遠景規劃中，在全國要建五個這樣的壹級配送中心。