根據灌溉水的管理方式不同，水稻育秧方式有水育秧、濕潤育秧、旱育秧以及塑料薄膜保溫育秧、兩段育秧、塑料軟盤育秧等多種形式。
（1）水育秧是指整個育秧期間，秧田以淹水管理為主的育秧方式。即水整地、水作床，帶水播種，出苗全過程除防治綿腐病、壞種爛秧及露田紮根外，壹直都建立水層。這種育秧方式常有壞種爛芽、出苗和成苗率較低、秧苗細長不壯、分蘗弱等弊端，是我國稻區采用的傳統方法，現在生產上已不提倡采用。
（2）濕潤育秧，也叫半旱秧田育秧，是介於水育秧和旱育秧之間的壹種育秧方法，是水整地、水作床，濕潤播種，紮根立苗前秧田保持濕潤通氣以利根系生長，紮根立苗後根據秧田缺水情況，間歇灌水，以濕潤為主。該育秧方式容易調節土壤中水氣矛盾，播後出苗快，出苗整齊，不易發生生理性立枯病，有利於促進出苗紮根，防止爛芽死苗，也能較好地通過水分管理來促進和控制秧苗生長，已成為替代水育秧的基本育秧方法。
（3）塑料薄膜保溫育秧是在濕潤育秧的基礎上，播種後於床面加蓋壹層薄膜，多為低拱架覆蓋。這種育秧方式有利於保溫、保濕、增溫，可適時早播，防止爛芽、爛秧，提高成秧率，對早春播種預防低溫冷害來說十分必要。
（4）旱育秧是整個育秧過程中，只保持土壤濕潤，不保持水層的育秧方法。即將水稻種子播種在肥沃、松軟、深厚的、呈海綿狀的旱地苗床上，不建立水層，采用適量澆水，培育水稻秧苗。水稻旱地育秧依靠稭稈、廄肥等腐熟有機肥料，提高床土肥力，苗期很少追施肥料，床面土壤上下通透性好，有利於培育根多、根毛多、白根多的壯秧，是提高秧苗質量的較好形式。旱育秧操作方便，省工省時，不浪費水資源。但過去沒有保溫、保濕覆蓋物，常因補水不及時苗床缺水而出苗不齊，且易生立枯病和受鼠雀危害。近幾十年各地采取增蓋薄膜、藥劑防治立枯病等措施，保溫旱育秧方式已成為寒冷地區和雙季早稻培育壯秧、抗寒、抗旱、節水的重要育秧方法。
（5）兩段育秧就是將整個育秧過程分兩段進行的壹種育秧方法。第壹階段是采用密播旱育秧或濕潤育秧方法培育3～4葉的小秧苗，第二階段是寄秧階段，將小秧苗帶土或不帶土按壹定密度寄栽到經過耕耙施肥的寄秧田中，待培育成多個分蘗的大壯秧苗後，再移栽到大田。這是壹種適用於多茬口遲栽秧的育秧技術。其主要優點是成秧率高、用種量少、早發性強，可調節茬口矛盾。尤其適用於麥茬遲栽中稻、雙季連作晚稻和雜交稻制種時生育期較長的父本秧。兩段育秧可解決早播與遲栽的矛盾，提早出穗期，以避開花期高溫或灌漿期低溫等不利影響。
（6）塑料軟盤育秧是在旱育秧床或水田秧床（以旱育秧床操作、管理方便）基礎上，利用塑料軟盤，通過人工分穴點播、種土混播或播種器播種進行育秧的方式。這種育秧方式能提高秧本田比例、降低育秧成本、管理方便，秧苗素質好，苗期不易發病。育出的秧苗可以手工栽插，更利於拋栽。
在上述6種育秧方式中，應用水稻噸田寶可以促進秧苗根系發育，使其根多、根毛多、白根多，根系活力強，秧苗壯，移入本田後，緩苗快，苗齊，苗勻、苗壯。