隨著經濟和社會的發展，梅州城市水資源供需矛盾也在不斷加劇，水資源保護和節約用水重視不夠，已成為制約發展的主要因素。梅州城市水資源保護存在的問題主要表現在以下幾個方面。
18.2.1 水土流失仍然存在
在前面14章已經對水土流失作了較詳盡的論述，這裏著重對1983年和1997年兩個時間段進行比較（表18.1）。
表18.1 梅州市水土流失面積對比表（1983/1997） 單位：km2
從上表可見，經過14年的治理，水土流失情況已得到很好的改善。表現為：①總流失量已經從1983年的2556.04km2下降到1725.43km2；②面蝕、溝蝕情況已得到很好的控制，除了梅縣和平遠的面蝕，興寧的溝蝕情況略有上升外，其他各縣的面蝕和溝蝕都比1983年有所下降。但是，崩崗的面積卻上升了。其中五華、興寧和豐順的崩崗面積都大幅度上升，只有大埔、蕉嶺和梅江區的崩崗面積有所下降。
18.2.2 水汙染不容樂觀
人類活動所排放的水汙染分為：點汙染源（由管道收集後集中排除）和面汙染源（無組織的，例如農田地面徑流或雨水徑流）。點汙染通常來自生活汙水和工業廢水。面汙染主要來自農村。梅州是壹個農業占比重較大的山區，因此面汙染源是比較普遍的。
根據梅州市環境監測中心站和各縣（市、區）環境監測站對梅江保潔9個跨縣（市、區）斷面水質監測結果表明，1998年梅江幹流及其主要支流水質年平均值，在5個斷面懸浮物、溶解氧、石油類指標中分別有1個或2個略有超標，其余各斷面水質符合國家地面水環境質量Ⅱ類標準水質良好
見/mjbj（2005-03-14）。
。梅江流域的主要汙染物為COD、BOD、石油類、揮發酚、錳等。由於大量未經處理的城鎮生活汙水、生活垃圾、醫療廢水、農業灌溉排水造成梅江河的總大腸菌群汙染和有機汙染。梅江流域的汙染以有機汙染為主。個別河段則受某些重金屬汙染的影響，造成重金屬超標（如蕉嶺錳化廠下遊的錳超標）。多年監測結果表明，梅江流域水質指標基本能滿足地面水Ⅱ類標準，某些城鎮下遊河段受有機汙染或某種重金屬汙染影響，不能達到Ⅱ類標準，但仍基本能達到Ⅲ類標準。三大水庫水質以合水水庫水質相對較差，經常超Ⅱ（Ⅲ）類標準項目為DO、總磷、石油類；益塘水庫和長潭水庫水質相對較好，基本達到地面水Ⅱ類標準，也偶有DO、石油類和總磷超Ⅱ類標準。工農業生產的發展和城市居民生活用水水平的不斷提高，必然導致城鎮工礦業和生活汙廢排放量的逐漸增加。由於目前梅州市的城鎮管理和工業廢水處理仍跟不上形勢發展的要求，大部分城鎮生活汙水和工業廢水未經凈化處理就直接排入河流，導致全市地表水體遭受不同程度的汙染。排入梅江的主要廢水工業汙染源有梅縣造紙廠、平遠造紙廠、蕉嶺造紙廠、梅縣磷肥廠、梅縣發電廠、西陽氮肥廠等。1998年度環境統計數字表明，這6家企業累計工業廢水等標汙染負荷占全市廢水的89.7%，年廢水排放量分別為97×104t、590t、480t、50t、1390t和3240t
數據由梅州市統計局提供。
。梅州鄉鎮企業正處於發展階段，鄉鎮企業的工業廢水未經處理就直接排放到河裏的情況是經常出現的；農村飼養的家畜的排泄物使農村水體迅速惡化；此外，化肥、農藥的大量使用，農田的尾水的直接排放也會加速水體的汙染。尤其在旱季，地表徑流量減少，汙染程度加大；而在兩岸工廠集中、水量不大的河段（平遠壩頭河、興寧寧江），有機物汙染尤為突出。18.2.3 地下水資源管理乏力
就目前梅州市水資源管理現狀而言，雖然管理體制已基本理順，但職責和權力仍未落實到位。表現在大部分農民對地下水的開發還存在不合理性，歸根到底是由於水行政管理部門對地下水的監督管理力度不夠。梅州城區對地下水的利用並不廣泛，但存在的問題也不可忽視。2003年梅州城區地下水資源總量達8600萬m3。其中洗車行業是地下水用水的大戶之壹。壹般的洗車行業都是采取直接在地下水資源豐富處打井取水，以節約成本。而政府對洗車行業的打井行為並未做出嚴格的限制。另外，地下水和地表水的統壹管理問題仍存在爭議，有些農村對地下熱水的開采也缺乏有序的管理（圖18.2）。
圖18.2 梅州某農村地下熱水的開采現狀