沛鴻民族中學前身是廣西軍區小學校（始創之初又稱廣西軍區幹部子弟學校），創建於1952年6月1日，是壹所具有光榮歷史和優良傳統的學校。近六十年來，她感受著和平建設的喜悅，沐浴了改革開放的春風，經歷過八次易名、五遷校址的特殊歲月。今天，她以嶄新的面貌，全面推進素質教育，以優秀的教育教學成績，弘揚廣西軍區幹部子女學校先輩們光榮的革命傳統，延續著"沛鴻"先輩們夢想......
1950年12月，中國人民解放軍第四野戰軍第13兵團部兼廣西軍區（時轄第38、第45、第49軍），為解決從各戰場歸來的軍區幹部及烈士的子女教育問題，廣西軍區從政治部、幹部部抽調了包括寧克義（時任四野第49軍區政治部組織部幹事）、程-、安郁媛、孫立民在內的團、連職幹部，用將近兩年時間籌建，初創校址叫"葛家園"，曾是廣西南寧有名的莊園（現廣西軍區幼兒園），在莊園內新建的四棟別墅就是學校最初的全部建築。
1952年6月1日正式掛牌成立廣西軍區小學校。學校是營級建制，隸屬廣西軍區政治部管理，是壹所集保育、小學於壹體的全寄宿制學校。副校長寧克義（註：學校創辦之初未設正職校長，由副校長主持學校全面工作）、政治協理員王佐、指導員王瑜琳、程-書記（註：類似於文秘人員）、教育幹事安郁媛以及譚慶華、張寶潔、李炎炎等小學及幼兒園的老師***十名，以上人員均來自廣西軍區直屬機關和各軍分區，校長是團級幹部，教導主任是連級幹部，壹般老師是排級幹部，實行部隊供給制。學校根據年齡分別設置有托兒部、幼兒部和小學部。小學部由安郁媛幹事負責，小學部當時只設有壹、二、三年級三個班，分別有十多名學生，以復式班形式上課，當時學校只招收廣西軍區、各分軍區及各縣武裝部的子女，時任廣西軍區司令員李天佑上將的孩子以及時任廣西省副省長盧紹武少將的女兒盧雅春（現廣西區人民醫院普通內科專家）都是建校後的第壹屆學生。
學校創辦之初，辦學條件極其簡陋，特別是小學部生源太少不成規模，學校曾分別於1953年8月份和1954年2月，指派陽翠媛、張寶潔、李炎炎等老師及保育員分兩批負責將小學部的學生送往廣東省廣州石牌玉泉山的中南軍區第二小學（又名廣州八壹子弟學校，現廣州市八壹實驗學校）就讀。後因滿員廣州方面不再接收，學校又將孩子們接回廣西南寧原小學部讀書。送往廣州讀書的小學部學生中包括盧紹武少將的女兒盧雅春、劉樹謙校長的長女劉素琦（現南寧市無線電三廠退休幹部）等約十多人。
1953年10月，因組織需要，副校長寧克義調任桂林市解放軍第壹八壹醫院政委，1954年，由時任廣西軍區政治部敵工科科長劉樹謙兼任學校校長，教導主任安郁瑗。
1954年8月，因反對特殊化，廣西軍區幹部子弟學校更名為南寧市第二十壹小學。1954年12月劉樹謙調任廣州軍區政治部敵工部幹事，不再兼任學校校長。隨著學校辦學條件改善，更多軍隊幹部要求送孩子來校，學生增多，學校逐漸容納不下，廣西軍區決定將學校小學部與幼兒部、托兒部分支剝離，1955年8月小學部遷到柳州，校址位於柳州市江北魚峰區（現柳州市東環路魚峰山附近），南與柳州著名風景區魚峰山相望，東與柳州監獄（現柳州市第二看守所）毗鄰，校舍由柳州監獄負責籌劃、興建的兩棟二層小樓，在柳州辦學期間，學校未掛校牌，校名仍沿用南寧市第二十壹小學，學生有80人左右。學校成立了臨時黨支部，由時任柳州監獄教導員兼任臨時黨支部書記，教導主任程-主持學校全面工作（兼任黨支部宣傳委員），管理員崔維占擔任黨支部組織委員並負責學校的保衛工作，教職工人手不足，工作生活條件很艱苦，小學部陽翠媛（程-的愛人）、麽向仁、葉萬勛、黃維弼等幾位老師不僅要上課，還要照顧這些離開父母異鄉求學的孩子們的生活。
1956年8月根據廣西軍區指示，學校又遷回了南寧，校址位於廣西南寧西鄉塘的部隊504醫院（現廣西武警總隊醫院），校名仍沿用南寧市第二十壹小學，1957年學校更名南寧市珠江小學，校址不變。1957年8月，蘭繼興（原中南軍區江西步校的-）到學校擔任副校長，分管教務工作，程-仍擔任教導主任。當時的小學有四個年級，約100多名學生。時任廣西省省長-上將、政委譚甫仁中將的兒女曾先後在學校就讀。隨著班級的增加，學校又陸續從地方調進謝秉基、麥秀蘭（謝秉基愛人）、羅琳、唐雲霞（羅琳愛人） 4位老師，還有壹名馭手叫金萬祿（當時學校到市區開會、辦事聯絡的唯壹交通工具就是馬車代步）。
1958年8月，南寧市珠江小學撤銷，學校因此停辦壹年。副校長蘭繼興、教導主任程-、管理員崔維占等學校軍隊幹部先後轉業去北大荒，分配到嫩江縣（黑河地區）黑龍江省國營九三榮軍農場參加農墾建設，同年蘭繼興調往安徽省合肥交通學校任職（職務不詳），教職員工就地分配，學生也解散到周邊學校就讀。
1959年2月份廣西軍區決定恢復辦學，同年8月份學校更名為南寧珠江子女學校，校長隋寶章，校址位於廣西軍區招待所對面三工區（現廣西軍區門診部），有六個年級***六個班，學生有150人左右，教師有10多名。1959年9月司徒紹光少將繼任校長。
1960年8月學校搬遷到現址（南寧市青秀區桃源路86號）時，已成為近200人的完全小學，校名仍是南寧珠江子女學校，邱巖桂（時任廣西壯族自治區黨委書記劉重桂大校的夫人）任校長。1960年8月，學校開始增辦初中壹年級，學生近300人，1961年8月份學校初中部曾遷至民生路二號壹座古建築內，1962年8月初中部又遷回原校。
1964年8月，根據-關於部隊子弟學校要移交地方政府管理的指示精神，廣西軍區正式將南寧珠江子女學校移交給南寧市人民政府接管。校長邱巖桂於同年調離學校回到部隊（後曾任廣西壯族自治區計劃生育辦公室主任），壹丁繼任校長。學校開始面向地方招生，學生當年就增招到數百人，學校辦學規模達到20個班，最多壹個年級就有8個班，在校學生達到壹千多人。
1969年9月學校掛牌更名為南寧市第十六中學，1970年元月19日成立南寧市第十六中學黨支部，支部書記關振華。1970年學校開始設立高中部，成為壹所完全中學。1978年12月，邵崴繼任校長。
十年"文革"是教育的災難，學校的發展幾乎處於停滯狀態。1978年12月，隨著黨的十壹屆三中全會精神的貫徹落實，1980年7月，壹丁再次出任學校校長，1984年9月以後梁仕業繼任校長。
1990年12月30日，為紀念我國著名教育家雷沛鴻先生，南寧市人民政府下文將學校命名為南寧沛鴻學校，成為廣西唯壹壹所以教育家命名並實踐"教育是學習做人的教育，是為國民身心發展"教育思想的學校，梁仕業連任校長，隨後的1992年3月及2002年9月期間，劉業倫、陳家璉先後繼任校長。
2001年學校獲批準為自治區首批立項建設的示範性普通高中，"創建"工作全面啟動。為整合優質的教育資源，把優質高中做強做大，2002年6月25日，南寧市人民政府《關於組建南寧沛鴻民族中學的通知》（南府教[2002]68號）文件，將南寧沛鴻學校與南寧民族高中合並，成立南寧沛鴻民族中學。同年10月，韋平凡就任南寧沛鴻民族中學校長，勞以東（原南寧民族高級中學校長）任學校黨總支部書記。原南寧沛鴻學校改為學校的東校區，原南寧民族高中改為學校的西校區，合並後學校總占地面積達203畝，分為東校區（原南寧沛鴻學校校址）和西校區（原南寧民族高中校址，南寧市槎路5號）。
2005年12月，全國中學數學骨幹教師，南寧市教育系統學科帶頭人，市直屬學校優秀校長，廣西特級教師戴啟猛出任南寧沛鴻民族中學校長。2007年底，學校正式將東、西校區更名為桃源校區、江南校區。
在南寧市人民政府和上級主管部門的大力支持下，學校堅持"辦師生向往、家長放心、社會滿意的學校"的辦學理念並不斷賦予其新的時代內涵，辦學特色鮮明，師資力量雄厚，從2006年下半年開始連續三年在江南校區基礎建設投入超過前13年校區基建的總投入，是學校基礎建設資金投入最多的三年，擁有了目前廣西壹流的教育基礎設施和先進的教學設備。
至2012年春季學期結束，學校現有教職工254人，其中專任教師215人。擁有全國優秀教師（含單學科）、廣西特級教師、南寧市教壇明星、市學科帶頭、市教學骨幹***132人次,占專任教師的61.4%;廣西21世紀"園丁工程"A類和B類培養人才11人;高級職稱80人，中級職稱110人。全校初、高中***有68個教學班，總計學生3236人，其中少數民族學生1372人，占學生總人數的42.4%。