鎮海樓自明清以來，除了作為歷史名樓，還被作為“太平盛世”的象征，所以屢毀屢建不絕於世。歷史進入清代後，鎮海樓在1659年7月又被臺風吹倒了。《榕城紀聞》記載：
順治十六年七月三十日，大風起，自辰至未，壞樣樓、鰲峰亭，開元寺大殿、鐵佛殿、尊經堂、石坊並七門城樓，其余衙門、公署、民居無不飄蕩。其風比辛巳年更大，所在倒折更多。
在康熙初年，鎮海樓再次。但後又被毀，在康熙年間進行了3次重建。據雍正年間的《福建通誌》說：
康熙初重建，復毀。後總督姚啟聖、郭世隆相繼興建。
1678年至1684年間，姚啟聖任福建總督。後來，又有6位任總督。接著，1695年至1703年郭世隆任總督。其中，有兩次重建的鎮海樓存在的時間較短，只有20年左右。而總督郭世隆重建的鎮海樓，存在時間較長，
約有50年，但後來不幸於1760年秋毀於雷火。
關於這次被毀，乾隆年間的《福州府誌補》記載較詳細：
乾隆二十五年八月十五日向夕，山上霹靂壹聲，樓四面火出如燈，綠色，人皆以為雷火，乃屬人意。按：自國初以來，毀已數次。
論者采形家言，謂：‘山尖而銳者，為火星，圓而秀者為文星。越王山其形尖銳似火，作屋不宜復用棱角。屋脊作卷棚以培之，庶可無患。’或亦有見。
鎮海樓經歷這次大火，於是就有人給它“算過命”，說越王山山形尖銳屬火星之相，建築物不宜再用棱角屋脊，應改作卷棚式的圓形，就可以防火了，但鎮海樓實際上並未因此免於大火。
1785年，雷火再度焚毀了鎮海樓。但不久，經“官匠建立”的鎮海樓再度於1792年被雷火焚毀了。當時，為鎮海樓大興土木的主要是官方倡建並與民間***集資。鎮海樓仍為上下兩層，以明代制式重建，雖經多次毀建，但其基本尺寸變化不太大。
過了68年，在1860年鎮海樓又被雷火焚毀了。過了3個月，鎮海樓就再次重建起來了。清代學者林楓在《觀我錄》中說：
鹹豐十年庚申……九月微雷小雨，鎮海樓災後數月重建，物料偷減，制視昔獨卑。形家言其失前人創造之意，於風水有礙，未知然否。
這次重建，因資金緊缺，其寬度縮減了三尺。據光緒年間的《晦訥齋文集》記載說：
鹹豐間改造，規制卑陋，不及四十稔，傾圯隨之。
果然，不到40年，鎮海樓於1892年又壹次坍塌了。按清代光緒年間歷任芝山書院、白鹿洞書院、致用書院主講的謝章鋌撰寫的《重建鎮海樓碑記》的記載：
且夫樓以鎮海名，意在樓，實在海。嗟呼，海風叫嘯，海水飛揚，登斯樓也，其忍負中流砥柱之心哉。
關於重建後的鎮海樓，謝章鋌在《重建鎮海樓碑記》寫道：
高六丈三尺，深七丈二尺，廣十三丈七尺，周邊的城墻厚五尺三寸。
1892年，閩浙將軍希元、總督譚鐘麟和官紳都捐了錢，整整用了壹年時間的修建，於第二年就竣工了。樓的建造按舊制“尺無所短，寸有所長”，其尺寸與舊制誤差不超過壹尺。福州學者謝章鋌撰《重建鎮海樓碑記》，由清末翰林院庶吉士陳寶琛揮毫題寫碑文。
據說，在清代末年時，登上鎮海樓仍可以看見大海。清末福州田園詩人魏傑《越王樓遠眺》詩道：
欲窮千裏目，獨上越王樓。
雙塔排城市，三山鎮福州。
人從臺際望，海入眼中收。
地傑鐘王氣，雄風自昔留。
因此，後來的福州西湖新增八景之壹就有“樣樓望海”壹景。它與當年的福州的“龍舌品泉”等景壹起被載入《新修西湖誌》。
後來，光緒年間重建的鎮海樓曾失於大火。之後，重修的鎮海樓基本保持了明代時期的制式，城樓外觀為重檐歇山頂加腰檐，城門式高臺二層樓閣。施以鬥拱，屋面使用陶制簡瓦和板瓦，檐口飾有瓦當、滴水，適當增加壹些配套工程。
為了凸顯該樓，重建時特地擡高了壹層約11米左右的架空臺基，使它更宏偉、壯觀。主體采用鋼筋混凝土結構，臺基采用城墻磚、首層臺基地面采用金磚鋪設，欄桿使用漢白玉雕作，所有露明梁柱外飾木質材料，小木作均采用實木，重建後的樓高、進深、面寬均嚴格按古建築的尺寸和規制建設。
鎮海樓樓高22.3米，臺基高10米，由基座層、臺基層，基座層內設地下宮。面闊43.5米，進深24.5米。門窗及牛拱等均為實木，吊頂為平暗式，並與梁架之間施以彎枋、壹鬥三升，為典型的福州傳統建築式樣。
在鎮海樓門前，在七星缸附近，有壹座外面插著四簇雕花小石柱的三層圓臺，其中心鑲嵌陰陽魚，***60甲柱，代表時間的周期。在此設60甲柱，寓意福州百姓的福祉周而復始，無窮無盡。
此外，鎮海樓前還建有登山的青石道，道路中間有三組各9層臺階，海浪翻滾，蟠龍出海，堪比皇家“禦路”規格。
鎮海樓的壹樓大廳中央，設有金絲楠木梅花雕屏，上面題有“清客肯來榻還下我”的詞句。陪侍這扇屏風的，是七八十厘米高、壹剖為二的巴西紫水晶洞。
在大廳西側，供養在鎮海樓建築模型右側的，是熱心人費盡心力從海南弄來的“佛教七寶”之硨磲、珊瑚。水晶、硨磲、珊瑚，都是辟邪之物，有了它們，庇佑福州城的鎮海樓，更加法力無邊了。
大廳東側書案正中豎屏是光緒三年壹甲壹名進士王仁堪的手跡。此人不僅“善設色花卉，書法為時所稱”，而且當官也當得很出色，授修撰，入直上書房，出為鎮江知府，殉職於蘇州知府任上，官聲頗佳。
二樓門額懸掛有“鎮海樓”三字匾額。樓內布置有各色紅木家具、古董及珊瑚等，還有著名愛國將領林則徐所撰對聯：
海納百川有容乃大；
壁立千仞無欲則剛。
整座鎮海樓雄居於福州古城中軸線端點的屏山之巔，仍然是俯瞰福州城及福州三山及西湖周邊景色的登高眺望點。其建築重檐飛角，沖霄淩漢，在壹定程度上又恢復了三山二塔之間的視廊關系。