媽祖的祭祀活動有著獨特的方式與內容，但對於每個供奉媽祖的媽祖廟來說，它們的祭祀方式和信仰活動都大致相同。
在每年農歷三月二十三媽祖誕辰的時候，便會在祖廟舉行紀念活動。媽祖誕辰的慶典活動非常隆重，從三月初五開始到二十三結束，它的規模甚至超過了春節。
從三月二十二的晚間開始，虔誠的信徒便會聚集到媽祖山上等待午夜吉時的到來。在三月二十二的晚上，湄洲祖廟還有壹個獨特的風俗，那就是為媽祖梳妝。祖廟董事會的老阿婆們會在當晚聚集在梳妝樓，為媽祖梳妝。
梳妝樓裏所供奉的是不戴冕旒的媽祖神像，阿婆們要為她梳妝打扮。明天是媽祖生日，老阿婆的心情比女兒出嫁還要激動萬分，喜盈盈地忙著為媽祖梳妝，給她戴簪和插釵，擦拭臉上的香灰，還會給媽祖換上壹身新袍。
午夜吉時到來後，會先鳴放銃炮，然後開始做醮，奏鼓吹八樂並且演戲。這時，圍在寢殿香爐前的人們會爭先恐後地把手中的清香插進香爐，都希望能搶到頭香，獲得媽祖更多的庇佑。
在寢殿內，在如同白晝壹般的燈光照射下，端坐的媽祖更顯慈祥親切。長長的供桌上擺滿了信眾奉獻的各式各樣貢品。貢品的種類繁多，但大致分可為五牲、五湯和什錦。
五牲就是指全豬、全羊、雞、鵝和海味。五湯，就是用桂元幹、芡實、蓮子、紅棗和柿餅五種果實做成的面湯點。
而什錦，則是用染了顏色的白豆排出10種花樣或文字，分別放在10個小碗內。屬於幹品。除此以外，還有燒金和表禮等。
當夜，祖廟內是壹個不眠之夜，前來跪拜的信眾非常多。爆竹聲不斷，十音八樂此起彼伏，舞龍舞獅翻飛騰躍，非常熱鬧。而戲臺上正演出曲調高亢的莆仙戲，好戲連臺直演到天亮。
在媽祖誕辰當天的上午，還會在祖廟舉行祖廟祭典，氣勢磅礴、恢宏壯觀。這也是媽祖誕辰祭祀活動的最高潮。
媽祖是海神，大海是媽祖重點管轄和顯靈的地方，所以，人們除了廟祭之外，還會舉行海祭。海祭主要是漁民的節日，是在三月二十三媽祖誕辰這壹天舉行。海祭的禮儀和廟祭壹樣隆重，只是把供桌、貢品擺到海邊沙灘上而已。
海祭時，信眾們會面朝大海，向海神媽祖跪拜，祈求海上出行平安，海上捕撈豐足。海祭因地域不同而名稱也不同，在浙江象山稱為開漁節，在廣東則稱為辭沙，在臺灣澎湖則稱為海上巡安。
與海祭關聯的習俗是水族朝聖與漁民的禁捕。相傳，在三月二十三媽祖誕辰的這壹天，海龍王也率所有的水族來到湄洲灣海域，向湄洲媽祖朝拜。
每當這時候，人們常能望見水族齊聚，追波逐浪，競相騰躍，煞是壯觀。因此，漁民們相約，媽祖誕辰前後幾天海上禁捕，好讓魚蝦同人類壹樣慶祝媽祖誕辰。此俗由來已久，並且從未破例。
除了媽祖誕辰，農歷九月初九的媽祖升天日祭祀活動也非常盛大。但因為是忌日，紀念活動的特點是戒葷，供品不備五牲，壹律用素食，祖廟內部住持祭祀的道士也必須進行三齋六戒。
像媽祖誕辰和媽祖升天日所做的醮都屬於清醮，就是常年紀念活動。除此以外，還有大醮，大醮就是大慶典的紀念活動，湄洲祖廟在祖廟落成、開光或者千年祭的時候會舉行大醮。
舉行大醮時，祖廟內會演奏五鑼鼓，放銃炮，演木偶戲，奏八樂鼓吹，並且演莆仙戲。
演戲時規定必須要先跳加官和演八仙，還要進行狀元遊街，這以後才能正式開始演節目。在祖廟內有經師、和尚各9人做道場法事，經師和尚壹般都配有自己的吹鼓手演奏。
大醮整個慶典活動規模很大，形式非常隆重。
除此以外還有出遊，出遊是湄洲全境祈求媽祖平安的壹種活動儀式。目的是請媽祖巡遊全境，掃蕩妖魔，庇護黎民平安順利。