未發酵糞便，施入土壤中會發酵，產生熱量、有害氣體，有爛種子、燒根、燒苗現象，而且發酵時間長，產生肥害反而影響農作物生長，沒有發酵腐熟的農家有機肥，施入土壤病蟲害較多，動物糞便裏、農作物稭稈、下腳料裏含有病菌、蟲卵、病毒，如果直接施入土壤，會在土壤中漫延、滋生、孵化，危害農作物生長，爆發病蟲害疫情。
有機肥發酵原理
腐熟的豬糞有機肥壹般需要兩個階段，即第壹次高溫堆肥腐熟發酵階段和第二次陳化階段。不穩定的有機物通過腐熟過程，通過微生物作用下，轉化成穩定的腐殖質。其溫度變化可以界定是否腐熟。
第二階段：溫度初見降低，氧氣吸收率降低，臭味完全消失。相對於第壹次堆肥腐熟來說，不能沒有第二次堆肥，因為二次堆肥可以降解難降解的有機物，嗜溫微生物菌落重新建立，從而有助於有機肥腐熟、減少植物毒性物質和抑制病原菌。
第壹階段：通過配比原料基質，肥堆高氧吸收，產生高溫，可降解揮發性固體大量減少，臭味逐漸降低，肥堆顏色逐漸變化，需保持良好的曝氣和水分控制。
溫度升高階段：有機肥腐熟溫度上升到45℃，主要以放線菌、真菌和細菌為主，主要分解糖類和澱粉。甚至有源生物動物和動物參與。高溫階段：腐熟溫度達到45℃以上，嗜溫微生物被抑制，嗜熱主導。可溶解的有機物繼續被氧化分解，復雜的有機物（纖維素、半纖維素、蛋白質、木質素）也開始被分解。50℃左右（嗜熱真菌和放線菌）；60℃左右（嗜熱細菌和放線菌）；70℃左右（大多微生物已經不能適應）。最佳腐熟溫度為55℃，這是因為大多微生物在該溫度最活躍，最易分解有機物，病菌、蟲卵、雜草種子大多數會被殺死。降溫降低階段：嗜溫微生物又開始大量繁殖，占據優勢，對殘余難分解的有機物作進壹步分解。此時微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，溫度下降，肥堆逐漸趨於穩定。
有機肥發酵方法
厭氧發酵：在缺氧或無氧條件下,主要利用厭氧微生物進行的堆肥化過程。最終產物除腐殖質類有機物、二氧化碳和甲烷外，還有氨、硫化氫和其他有機酸等還原性物質。工藝簡單、不需進行通風,但反應速率緩慢，堆肥化周期較長。
好氧發酵：在人工控制和壹定碳氮比例（C/N）、水分、溫度和通風的情況下，通過微生物將有機質轉化為穩定的腐殖質的過程，這類堆肥無臭無蠅，反而有淡淡的泥土味。
有機肥發酵工藝
靜態條垛堆肥：無需翻堆，能夠確保堆體有效的達到高溫和病原菌體滅活，縮短堆肥周期。
動態條垛堆肥：通過人工或機械定期翻堆，來確保堆體好氧狀態。
反應器堆肥：在壹個容器或幾個容器進行，能夠有效的控制溫度，水分，從而監控堆肥發酵程度。