物流園區與保稅區有3點不同：
壹、兩者的功能不同：
1、物流園區的功能：現代物流園區從大的方面講，主要具有兩大功能，即物流組織管理功能和依托物流服務的經濟開發功能。
作為城市物流功能區，物流園區包括物流中心、配送中心、運輸樞紐設施、運輸組織及管理中心和物流信息中心，以及適應城市物流管理與運作需要的物流基礎設施；作為經濟功能區，其主要作用是開展滿足城市居民消費、就近生產、區域生產組織所需要的企業生產和經營活動。
2、保稅區的功能：保稅區的功能定位為“保稅倉儲、出口加工、轉口貿易”三大功能。保稅區具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲商品展示等功能，享有“免證、免稅、保稅”政策，實行“境內關外”運作方式，是中國對外開放程度最高、運作機制最便捷、政策最優惠的經濟區域之壹。
保稅區能便利轉口貿易，增加有關費用的收入。運入保稅區的貨物可以進行儲存、改裝、分類、混合、展覽，以及加工制造，但必須處於海關監管範圍內。外國商品存入保稅區，不必繳納進口關稅，尚可自由進出，只需交納存儲費和少量費用，但如果要進入關境則需交納關稅。
各國的保稅區都有不同的時間規定，逾期貨物未辦理有關手續，海關有權對其拍賣，拍賣後扣除有關費用後，余款退回貨主。
二、兩者的相關要求不同：
1、物流園區的相關要求：物流園區的規劃應結合國家物流產業規劃要求、所屬地的物流產業導向，根據所屬地的城市總體規劃、用地規劃和交通設施規劃等進行選址，編制符合所屬地城市總體規劃和土地利用規劃的物流園區詳細規劃，並通過規劃評審。
物流園區建設應做好各功能區的規劃，建設適合物流企業集聚的基礎及配套設施，引導區域內物流企業向物流園區聚集。物流園區建設應加強土地集約使用和發揮規模效益，物流園區的規模不小於1平方公裏。
2、保稅區的相關要求：根據現行有關政策，海關對保稅區實行封閉管理，境外貨物進入保稅區，實行保稅管理；境內其他地區貨物進入保稅區，視同出境；同時，外經貿、外匯管理部門也對保稅區實行相對優惠的政策。
企業在綜合保稅區開展口岸作業業務，海關、商檢等部門在園區內查驗貨物後，可在任何口岸（海港或空港）轉關出口，無須再開箱查驗。
三、兩者的分類不同：
1、物流園區的分類（按滿足物流服務需求的劃分，三種類型）：
（1）區域物流組織型園區。其功能是滿足所在區域的物流組織與管理。如深圳市的港口物流園區、成都龍泉公路口岸物流園區等。
（2）商貿型物流園區。商貿物流園區在功能上主要是為所在區域或特定商品的貿易活動創造集中交易和區域運輸、城市配送服務條件。商貿流通物流園區基本位於傳統、優勢商品集散地，對擴大交易規模和降低交易成本具有重要作用。具備商貿流通功能的物流園區。如佛山城北商貿物流園區、浙江傳化物流基地等。
（3）運輸樞紐型物流園區。物流園區作為物流相對集中的區域，從運輸組織與服務的角度，可以實現規模化運輸，反過來，規模化進行運輸組織也就為物流組織與管理活動的集中創造了基礎條件。
因此，建設專門的運輸樞紐型的物流園區，形成區域運輸組織功能也是物流園區的重要區的重要類型之壹。屬於運輸樞紐型的物流園區包括雙流空港物流園區、上海洋山深水港物流園區等。
2、保稅區的分類：
（1）按貿易方式，在全國綜合保稅區所有貿易方式中，進料加工貨物進出口值1030.6億美元，同比增長49.1%，占比60.2%。其中，出口值761.8億美元，同比增長42.7%；進口值268.9億美元，同比增長70.8%。
區域倉儲物流貨物進出口值535億美元，同比增長1倍，占比為31.2%。其中，出口值221.4億美元，同比增長2.4倍；進口值313.5億美元，同比增長54.9%。上述兩種貿易方式進出口占比合計為91.4%。
（2）按企業性質，在全國綜合保稅區所有企業性質中，外商獨資企業進出口值948億美元，同比增長10.6%，占比為55.3%。其中，出口值671.3億美元，同比增長14.1%；進口值276.7億美元，同比增長3%。
中外合資企業和私營企業進出口值分別為413.9億美元和239.3億美元，同比分別增長2.3倍和1.2倍，占比分別為24.2%和14%。上述三種企業性質進出口占比合計為93.5%。
（3）出口國別，在全國綜合保稅區實際進出口國別（地區）中，美國、臺灣省和香港地區居前三位。其中美國進出口值為359.9億美元，同比增長43.6%，占比為21%。
臺灣省進出口值為152.3億美元，同比增長63.9%，占比為8.9%；香港地區進出口值為143.9億美元，同比增長95.6%，占比為8.4%。上述三個國家和地區，進出口合計占比38.3%。
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