1、獨家供應商問題：供應鏈上出現獨家物流供應商，由於供應商服務地域和管理能力的有限性，獨家物流供應商政策可能給某些地區的服務帶來風險。
2、委托——代理機制所固有的信息風險：選擇合適的第三方物流供應商作為供應鏈物流服務的合作夥伴，是加強企業供應鏈物流管理中最重要的壹個基礎。如果由於信息不對稱和信息不完全，企業合作夥伴選擇不當，不僅會減少企業的利潤，還會使企業失去其他的機會，從而無形中抑制了企業競爭力的提高，增加了整條供應鏈的運行成本。
3、企業文化方面的問題：不同的企業壹般具有自己的企業文化，就可能導致對相同問題的不同看法，從而存在分歧，影響物流供應鏈的穩定。
4、IT技術的缺陷會制約供應鏈物流作用的發揮：如網絡傳輸速度，服務器的穩定性和運行速度，軟件設計中的缺陷，病毒等。