隨著珠江三角洲工業化的推進和市場化經濟的建立，各地方政府在改革開放初期對地區經濟所能掌握的傳統資源正在慢慢消失，例如對集體經濟的鄉鎮企業等經濟實體的決策權隨著企業改革、政企分開而喪失；對銀行的權威隨著金融改革而變得力不從心。如今，土地資源已經成為各地方政府發揮其在經濟中的作用的唯壹重要資源，但是這種資源也在慢慢地減弱。地方政府已經在很大程度上不再直接參與到經濟活動中來，但是政府為地方經濟服務的平臺卻還沒有得到應有的重視和完善，這就減弱了地方政府在新的形勢下的活力和作用。地方政府對經濟所能掌握的資源如何擴充和升級將是珠江三角洲繼續保持地方經濟活力的重要內容。
鄉鎮政府和鄉鎮企業在特定歷史條件下形成了“分權化的政企合壹”關系，在工業化初期，這種方式既有利於發揮地方權力對企業發展的作用，又有利於保證鄉鎮企業在市場化過程中平穩過渡。但是，隨著工業化進程深入和市場經濟機制逐步完善，這種政府“越位”現象已經顯示出其明顯的缺陷。 珠江三角洲傳統的資源優勢——政策、土地和勞動力等資源正在隨著中國的全面開放、市場經濟體制建立而逐步消失、減弱，然而在傳統資源優勢發展起來的經濟卻沒有形成新的資源優勢，整體競爭力趨於相對下降。珠江三角洲的企業明顯缺乏危機意識，沒有看到珠江三角洲的企業群體已經到了關鍵的戰略調整期，過去曾有的地緣優勢、成本優勢和政策優勢還沒有轉化為更加牢固的經濟優勢和品牌優勢。壹些企業自我滿足，固步自封；追求暴利，追求超常規發展是這些企業的特征，而不善於參與國際競爭，不善於駕馭金融、資本工具；在技術上只崇尚借鑒，不善於創新；重視科技人才，輕視管理人才；人文社會發育不全。
珠江三角洲地區是機遇與挑戰並存，挑戰是現實存在的，而機遇卻是潛在的，不確定的，珠江三角洲已經失去了絕對的優勢地位，並有可能在沒有抓住改革時機、消除潛在憂患的情況下沈淪。可見，珠江三角洲企業發展存在著普遍的問題——根植性不強的原因正是傳統優勢喪失、新的優勢沒有建立。而且，這種根植性不僅僅是指企業的歸屬性，根本上是指營造壹種企業根植的綜合環境。 改革開放之後香港與珠江三角洲經濟合作形成的“前店後廠”模式充分利用了兩地的優勢資源，促進了兩地之間經濟發展，壹方面使得香港成功的進行了產業升級，生產者服務業成為了經濟發展新的增長點；另壹方面，珠江三角洲也實現了從農業社會向工業社會的轉變，發展了本地經濟。“前店後廠”模式的不斷演進發展，使得港珠之間成為了唇齒相依的壹個經濟實體。如今，在香港還沒有形成新的經濟增長點的時候，珠江三角洲不斷吸收香港的產業轉移，如生產者服務業、房地產業、商業等，並承擔著更多“前店後廠”中的“店”的角色，這其實是對香港經濟的壹種“掏空”，是壹種內耗型的產業轉移和合作，對香港處於低端生產環節的中小企業沖擊很大。
珠江三角洲內部城市群之間產業聯系不緊密，產業發展方式雷同，彼此之間惡性競爭增多，沒有形成壹個有效地區域協調機制的調控，導致了區域環境的汙染和惡化、土地的粗放型經營、區域間基礎設施的不協調及重復建設等問題。