電視劇《孔子》講述的是：留學美國的女學生梅燕，為完成壹部研究孔子的博士論文，回到中國，由此展開本劇故事的兩條線索：A、孔子的生平及其主要思想；B、在研究孔子的過程中，梅燕身邊所發生的當代生活的方方面面，以及對孔子精神的思考。
孔子故事：春秋末年，諸侯爭霸，戰火頻仍。
山東曲阜，具有沒落宋國貴族血統的孔子家境貧寒，與母親相依為命。 喜歡演習祭祀禮儀的他有壹個夢想，就是恢復周公時代的德政和禮制，實現壹個人人安居樂業的大同世界。
少年時代，他因為演習禮儀而被孩子們追打嘲笑，十七歲時又因為厝棺尋父葬母和擅自參加魯國權貴季府的大宴受愚弄甚至惡狗追趕，在普通人眼中，他似乎是個不合時宜的怪人。為生活，他放馬、趕車、管理倉庫，勤奮好學的他遊歷四方，拜各色人等為師，逐步掌握了當時貴族君子必備的“六藝”，並以正直的人格和廣博的知識贏得了身邊壹批勞動者和貴族的賞識信賴。
與孔子的意願相反，當時的魯國權臣當道，掌握大權的季府與魯君展開壹次次血腥的權利之爭，給魯國帶來了壹次次戰亂。季府管家陽虎見孔子有才識和威望，想拉攏孔子為己所用，孔子不願同流合汙，憤而辭職。
而立之年，孔子拜訪了老子，後者柔弱勝剛強的思想讓孔子明白了，教書育人也許是手無寸鐵的自己改造這個弱肉強食的世界的最好辦法。由此他開始公開講學，向學生們傳授自己心目中的仁、德、禮、義、忠等思想，教他們該怎麽做壹個有道德節操、有理想有尊嚴的君子。孔子的行為改變了自古以來學在官府的局面，也使自己成為了中國歷史上第壹個民辦教育家……
孔子最大的理想還是直接參政，把自己的理想付諸實施。五十歲時，他終於當上了魯國大司寇，在與國力強大的齊國的會盟中，在得知對方伏兵潛藏、屠殺壹觸即發之際，他臨危不懼，周密布置，用孩子和平的歌聲、士兵的徒手相對讓齊景公放下了那只高高舉起的、作為殺戮信號的杯子……然而，孔子的墮三都計劃引發了季孫、叔孫、孟孫三家貴族的聯合反對和壹場叛亂，懦弱的魯君屈服於壓力，沈溺於酒色，眼見自己的理想在魯國無法實現，失望的孔子帶著學生背井離鄉，開始了長達十四年的周遊列國……
匡地被囚，幾遭殺身之禍;蒲城被扣，冒險破誓逃脫；衛國見南子，目睹腐敗荒淫的衛國政治而無法幹預；宋國被司馬恒魋追殺而落荒逃跑；鄭地被瘟疫折磨的奄奄壹息幾近送命；陳、蔡之間被困山嶺絕糧數日，無奈中質問蒼天，自己非兕非虎，為何要被逐放於荒野之中……最後，終於有勵精圖治的楚昭王願意重金聘用孔子，但等他趕到，見到的卻是壹具楚王的靈柩……
十四年中，孔子顛沛流離，往返衛、宋、鄭、陳、蔡、葉、楚諸國，經歷了無數次饑餓、風霜、病痛的生死考驗，見了諸多國君，口幹舌燥地宣傳自己的理想，卻得不到重用，孔子長嘆，只要君王肯用我，期月而已，三年有成，可為什麽，就不能實現呢？
六十八歲那年，白發蒼蒼的孔子終於回到魯國。他專心教學，潛心修訂編纂我國古代著名經典《詩》、《書》、《易》、《禮》、《春秋》，並擁有弟子三千，成為中國古代文化思想的偉大傳播者。然而，他仍然沒有得到魯國當權者的重用，掌握了權利的弟子冉求也因屈服於季府，違背孔子的教誨，讓孔子憤怒而無奈……
晚年，獨生子孔鯉的病逝，最心愛的弟子顏回、子路的意外死亡，讓孔子陷入悲痛之中。他感慨，我的道路真的走不通了麽？臨終之際，他登上山坡，眺望遠方，似乎看到了自己心中的大同世界……
現代故事:
梅燕是生於八十年代中國知識分子家庭的女學生，她家境優裕，教育良好，卻又有些清高自傲。她選定孔子做研究對象的理由很簡單，就是因為她的美國導師很推崇孔子，她想當然的認為，自己能在短時間內做壹篇讓導師滿意的論文。
壹回國，她就把自己關在賓館房間裏，沈浸在孔子史料當中，前往機場迎接她的記者端木是她少有的接觸到的人，也是她與外界聯系，觀察和了解國內社會的壹個媒介。然而，她發現，出國八年後，國內環境日新月異，人的觀念和社會思潮也有很大變化。就說端木，壹點也不像她心目中的文化人。壹方面，他是個活躍的記者，成日裏介入和報道各種社會新聞，對孔子和古文化頗有研究，可在另壹方面，他又在私下裏和三教九流各色人等打交道，出入歌廳宴會聲色場所，似乎進行著不願意讓人知道的秘密交易。這，讓壹心只讀聖賢書的梅燕感到迷惑、茫然甚至鄙夷……日子壹天天過去，隨著對資料的深入查詢，對孔子生平的逐步了解，梅燕意識到，孔子的壹生並不像她想象的那麽平淡，而是充滿著坎坷、悲歡的感人故事，煥發出壯麗的理想之光；同時，她也痛切的意識到，自己無法在這麽短的時間裏通曉孔子的壹生和他的思想，而經歷兩千多年的造神運動，孔子的形象被神化和嚴重誤解，歷史的真相以及孔子內心真正的痛苦和歡樂，絕望和希望，也許已掩藏在時間的深處。
梅燕和端木的關系也在發生著變化。從最初的疏遠、誤解而引發的敵意，到逐漸了解和接近，梅燕終於解開了端木私下裏從事的那個神秘買賣的謎團，原來，有這麽壹群年輕的城市青年，他們組成壹個叫“子貢基金會”的團體，通過壹次次募捐和自我捐獻，通過年復壹年的奔波和默默努力，他們為貧困山區的孩子們建成了壹座希望小學，而貌似玩世不恭的端木，正是這樣壹群青年誌願者的帶頭人。
梅燕明白了，孔子精神在今天依然活著，孔子對信念的執著追求，孔子以民為本、仁愛、德政、孝順等諸多思想，奠定了中華民族傳統美德的基礎，在今天依然值得堅守。
希望小學開學的那壹天，山坡上，看著孩子們對著藍天下的五星紅旗舉手敬禮，梅燕對端木說，自己的論文題目應該改為《孔子精神與當代中國》，自己也許要用壹生，來研究、學習孔子……
用客觀、嚴謹、詳實的筆觸描述孔子的壹生，反映孔子的主要思想，深討孔子思想在當代社會的價值，在浮躁、空虛、失落與迷茫中重新尋找中華民族的心靈家園，追求更高層次的精神超越和救贖之路，是本劇的追求和宗旨。