石氏倡導“十三科壹理貫之”的整體觀念，立足傳統中醫基礎理論，牢牢把握骨傷疾患的病理機制，吸取中醫內外各科臨床精華，融會貫通，廣收博蓄，聚焦於骨傷診療在學術上獨樹壹幟。在治療理論上，強調氣血兼顧，內外結合，創立卅二字治病思想，“以氣為主、以血為先，筋骨並重、內合肝腎；調治兼邪，獨重痰濕；勘審虛實，施以補瀉”。在治療立法上註重隨征施治，形成了治療各種骨傷疾病的治療原則；手法上常以十二字，為用，即“拔伸捺正、拽搦端提、按揉搖抖”，強調“穩而有勁、柔而靈活、細而正確”之準則。在方藥運用上重視方隨證變、藥隨病異並通過長期的實踐積累總結出了三色敷藥、消散膏、麒麟散、新傷續斷湯、牛蒡子湯、調中保元湯、石氏傷膏、骨密靈、椎脈回春湯、逐痰通絡湯等壹系列名方驗方。