先從幾個不同類型的具體例子來說明問題，然後再揭示問題的本質。
例壹：背離信仰的權威對科學的壓制。
第壹個例子是關於地球是不動的，還是太陽是不動的。在很長壹個時期，世人根據生活經驗，把地球看成是不動的，是宇宙的中心，壹切星體，包括太陽，都環繞地球旋轉。這也是哲學家亞裏士多德的觀點，十七世紀前的羅馬教皇也持這個觀點，甚至誤以為這是真理。其實聖經從來沒有涉及這個問題。當哥白尼提出太陽不動，地球繞 太陽旋轉，後來開布勒又從觀察行星運動的數據證實哥白尼的學說。羅馬教皇對這壹科學發現橫加壓制，歷史上誤以為這是信仰與科學的沖突。實際上，這是少數教會權威以他們的偏見取代了聖經的結果，絕不是信仰和科學的對立。
其實在十六世紀，也有許多虔誠的基督徒帶 愛心，拋棄世間壹切，到世界遙遠的地方傳揚真理。來中國傳道的耶穌會信徒利馬竇丶湯若望等都既是虔誠的信徒也是科學家。後來天文學繼續向前推進，發現太陽不是靜止的，而是環繞銀河的中心而轉動的；並且銀河系也不是靜止的，也是在旋轉 。而實際上，地球丶太陽丶銀河都不是宇宙的中心。按照力學的簡單計算，可以知道忽略地球繞太陽轉動的效應所導致的誤差，對日常生活影響極小；至於太陽繞銀河的運動的效應，則對日常生活的影響更小。這些都是純屬科學的問題，和信仰問題沒有關聯。
例二：科學勝利前進，帶來錯誤的“科學萬能的思潮”。
牛頓的力學理論是科學史上壹個劃時代的成就，他的力學定律將地球上的物體的運動，和宇宙間的天體運動作了統壹的解釋。但他的工作被過分誇大了，誤以為引力是物質之間的唯壹作用，機械運動是自然界唯壹的運動形式，原則上人能夠通過力學了解壹切。最極端的例子是數學家拉普拉斯的想法，他認為有了力學就不需要上帝了。這種機械主義思潮延綿了幾百年，阻礙 信仰的傳播。直到十九世紀末葉，物質的微觀世界的復雜性呈現出來，才使機械主義退出歷史舞臺。科學家對信仰的看法漸漸發生改變，原子核物理學家威爾查克的話很有代表性，他說：“懷疑，但向之開放。”
二十世紀，科學以空前的速度向前發展，發現每當解決壹個難題時，就出現更多更難的問題。廿壹世紀的壹位物理學諾貝爾得獎者格羅斯，對此作了壹個很好的比方，他說：“物理學者好比誌望登山的運動員，當他向山前進時，山卻在後退。”人漸漸悟知人類的聰明和上帝的智慧相比，遠遠小於滄海中的壹粟。
例三：聖經的內容超前科學所引起的誤解。
創世記最先壹段是壹般人難以了解的經文。上帝怎麽能在短短的六日之中創造出宇宙間的壹切呢？到了二十世紀初期，愛因斯坦的相對論確定無誤地告訴人，這是必然的事。
根據相對論，在靜止的坐標系中的觀察者所經歷的時間，和在運動中的觀察者所經歷的時間，是不壹樣的。在運動中的觀察者所經歷的壹短段時間，在靜止的觀察者看起來可能是很長的，這種差別，隨 運動者的速度提高而增大。上帝以極高的速度，用極大的能量作功，所以在上帝看來是六日的時間，世人看來已是億萬年了。千年不改壹字的聖經內的含意是多麽的奧妙！現代哲學家雅斯貝爾斯的話道出了科學界的實際情況：“在科學裏，壹知半解的知識使人放棄信仰；完整的知識則使人返回信仰。”科學和信仰這種由不和諧漸漸轉變為和諧的例子，多得不勝枚舉。
現在，我們要深入了解出現這種情況的根本原因。科學的結論是暫時的，相對的，有待改進的，概括起來說，科學的結論是變動的；而信仰的根據是上帝的啟示，是永恒的，不變的。變動的壹方面和恒定的壹方面的和諧程度，當然也是變動的了。但各門科學的進展都呈現壹個特點，就是科學每取得壹些進步，同時也帶來更多丶更難丶更深刻的問題。科學前進的速度漸漸慢下來，情況有些像百米短跑運動員爭取打破記錄的過程所出現的，最初是壹秒壹秒地下降，接 只能十分之壹秒地減少，最後要縮短百分之壹秒也是困難的事了。科學變化的幅度越來越小了，也就是說科學的穩定性增加了。這說明為什麽科學越是前進，就和恒定不變的信仰和諧程度越高的道理。
以大爆炸理論為例，聖經創世記記載：“起初上帝創造天地。”這意味宇宙有開始。現代的大爆炸理論的出發點正是宇宙有開始，這和傳世數千年的聖經所講的相壹致。科學能夠見證信仰，但不能認識信仰。科學本身不造成信仰的障礙，但人對科學的態度卻有可能造成對信仰的障礙。