1.激酶活性分析
生物學樣品中的激酶活性通常是在體外測定的，在ATP的存在下將免疫沈澱的激酶與外源底物***同孵育。之後通過壹些報告系統來評估特定激酶對底物的磷酸化，包括顯色、放射性或熒光檢測。
直接測定蛋白磷酸化的壹種經典方法是將整個細胞與放射性標記的32P-磷酸鹽***同孵育，獲得細胞提取物，通過SDS-PAGE分離，並曝光在膠片上。這種繁瑣的方法需要多次幾小時的孵育，且使用放射性同位素。其他傳統方法包括2D凝膠電泳，這種技術假定磷酸化會改變蛋白的遷移率和等電點。
2.WesternBlot
利用SDS-PAGE分離生物樣品，隨後轉移到膜上（通常是PVDF或尼龍膜），之後利用磷酸化特異的抗體來鑒定目的蛋白。
由於測得的磷酸化蛋白水平可能隨處理或凝膠上樣誤差而變化，研究人員常常利用壹個抗體來檢測同源蛋白的總水平（而不考慮磷酸化狀態），以確定磷酸化組分相對於總組分的比例，並充當上樣內對照。化學發光和顯色法都很常用，而分子量marker常用來提供蛋白分子量的信息。
3.酶聯免疫吸附分析（ELISA）
ELISA的定量能力優於Westernblot，且在調節激酶活性和功能的研究中表現出巨大的作用。這種微孔板形式的分析壹般利用目的蛋白特異的捕獲抗體，與磷酸化狀態無關。隨後讓目的蛋白結合在抗體包被的分析板中，目的蛋白可以是純的，也可以是復雜的異質樣品（如細胞裂解液）中的壹個組分。加入待分析的磷酸化位點特異的檢測抗體。這些分析通常設計為顯色或熒光檢測。
4.基於細胞的ELISA
來自目的蛋白的信號可通過第二種蛋白來標準化，校正各孔之間的差異，實現磷酸化蛋白水平的準確評估，並比較多個樣品，與傳統免疫印跡中使用磷酸化特異和總蛋白抗體相似。這些分析繞過了制備細胞裂解液的需要，因此更適合高通量分析。
5.質譜
首先，磷酸化肽段的信號通常較弱，因為它們帶負電荷，而電噴霧質譜在正電模式下作用，因此電離效果不好。其次，在大量非磷酸化蛋白的高背景之下，很難觀察到低豐度目的蛋白的信號。
6.多個分析物圖譜分析