經濟效益審計是財政財務審計派生出來的，它與財政財務審計有著密切的聯系。
差異具體表現在以下幾方面：
1.審計的對象： 財政財務審計的對象主要是被審計單位財政財務的收支活動；財經法紀審計的對象是嚴重違反財經法紀的行為；經濟效益審計的對象是被審計單位的業務經營活動和管理活動。
2.審計目的： 財政財務審計的目的在於評價和判斷被審計單位的會計資料及其所反映的經濟活動的真實性、合法性；財經法紀審計的目的在於維護國家的財經法；經濟效益審計的目的在於提高企業的經濟效益。
3.審計的方法： 傳統審計的方法主要是檢查、監盤、查詢、函證、計算和分析性復核等方法；經濟效益審計除了運用傳統審計方法外，還運用現代管理方法和數學分析法等其他學科所使用的方法。
4.審計的時間： 傳統審計主要是事後審計；而經濟效益審計可以是以經濟活動的事前、事中、事後，且更強調事前審計。